Đỗ Văn Mãi , Thiều Văn Đường Trương Trọng Ngôn *

* Người chịu trách nhiệm về bài viết: Trương Trọng Ngôn (email: ttngon@ctu.edu.vn)

Abstract

Sweet bush (Sauropus androgynus (L.) Merr.) being a precious vegetable that is used not only for medicinal purposes but also for eating everyday as vegetable. Although this crop is widely cultivated in the Mekong Delta, the study of genetics systematically is not considered well. The objective of this study was to evaluate the genetic characteristics of some samples/varieties collected in eight provinces in the Mekong Delta based on morphology and SNP marker for ITS region. The results showed that there are different phenotypes among the samples of variety due to different environmental and cultivated conditions. For genotypes, all samples of variety belong to the species Sauropus androgynous (L.) Merr. as compared ITS sequences with sequences on NCBI. Phylogentic tree showed that four samples origined from Chau Thanh (Soc Trang), Can Tho, Ca Mau, and Kien Giang differ from the other groups; two samples from Vinh Long, and Thuan Hung (Soc Trang) are similar to the ITS sequence so they belong to same group, meanwhile Hau Giang and Dong Thap samples are close together, genetically.

Keywords: ITS region, Phylogenetic tree, Sauropus androgynus (L.) Merr.

Tóm tắt

Bồ ngót (Sauropus androgynus (L.) Merr.) là loại rau từ lâu không những dùng làm thuốc trong y học mà chúng còn được dùng như rau ăn lá. Mặc dù bồ ngót được trồng nhiều ở Đồng bằng sông Cửu Long, nhưng việc nghiên cứu về di truyền một cách hệ thống chưa được quan tâm. Mục tiêu của nghiên cứu này nhằm đánh giá được đặc điểm di truyền của một số giống bồ ngót thu thập ở bảy tỉnh vùng Đồng bằng sông Cửu Long dựa vào đặc điểm hình thái và dấu single nucleotide polymorphism (SNP) trên vùng trình tự internal transcribed spacer (ITS). Kết quả cho thấy về kiểu hình của các giống có sự khác nhau giữa các vùng trồng do điều kiện môi trường và canh tác. Về kiểu gen hầu hết các giống thuộc loài Sauropus androgynous (L.) Merr. khi so sánh với các trinh tự ITS trên NCBI. Dựa vào cây phả hệ cho thấy bốn nhóm mẫu giống ở Sóc Trăng, Cần Thơ, Cà Mau, và Kiên Giang khác với 4 mẫu nhóm còn lại. Trong số 4 mẫu nhóm giống này thì nhóm mẫu Vĩnh Long, và Thuận Hưng (Sóc Trăng) có trình tự ITS gần tương đồng với nhau nên xếp chung 1 nhóm, nhóm còn lại abo gồm mẫu nhóm Hậu Giang và nhóm Đồng Tháp gần nhau về mặt di truyền.

Từ khóa: Bồ ngót (Sauropus androgynus (L.) Merr.), cây phả hệ, vùng ITS

Article Details

Tài liệu tham khảo

Álvarez, I. J. F. W., & Wendel, J. F. (2003). Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference. Molecular phylogenetics and evolution29(3), 417-434.

Bộ Y tế. (2017). Dược Điển Việt Nam V. Nhà xuất bản Y học. Tr. 1119.

Cheng, K. T., Lo, S. F., Lee, C. Y., Chen, C. C., & Tsay, H. S. (2004). The rDNA sequence analysis of three Dendrobium species. Journal of Food and Drug Analysis12(4), 367-369.

Doyle, J. J., & Doyle, J. L. (1990). Isolation ofplant DNA from fresh tissue. Focus12(13), 39-40.

Đỗ Huy Bích, Đặng Quang Chung, Bùi Xuân Chương & Nguyễn Thượng Dong. (2006). Cây thuốc và động vật làm thuốc ở Việt Nam. Nxb. Khoa học và Kỹ thuật, Hà Nội, tập I, trang 1009-1011.

Đỗ Tất Lợi. (2006). Những cây thuốc và Vị thuốc Việt Nam. Nhà xuất bản Y học. Trang 708-709.

Feng, T., Liu, S., & He, X. J. (2010). Molecular authentication of the traditional Chinese medicinal plant Angelica sinensis based on internal transcribed spacer of nrDNA. Electronic Journal of Biotechnology13(1), 9-10.

Ganapathy M., Lakshmanan, A., & Selvarasuvasuki, M. (2015). Refined method of pure genomic

DNA isolation from Plectranthus forskohlii (Willd) Briq- An Endangered medicinal plant. Life Science Archieves, 1, 208-216.

Hall, T. A. (1999, January). BioEdit: A user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. In Nucleic acids symposium series (Vol. 41, No. 41, pp. 95-98). [London]: Information Retrieval Ltd., c1979-c2000.

Kårehed, J., Groeninckx, I., Dessein, S., Motley, T. J., & Bremer, B. (2008). The phylogenetic utility of chloroplast and nuclear DNA markers and the phylogeny of the Rubiaceae tribe Spermacoceae. Molecular phylogenetics and evolution49(3), 843-866.

Kress, W. J., Wurdack, K. J., Zimmer, E. A., Weigt, L. A., & Janzen, D. H. (2005). Use of DNA barcodes to identify flowering plants. Proceedings of the National Academy of Sciences102(23), 8369-8374.

Nguyễn Nghĩa Thìn. (2006). Các phương pháp nghiên cứu thực vật. Nhà xuất bản Giáo Dục.

Sun, Y. W., Liao, Y. J., Hung, Y. S., Chang, J. C., & Sung, J. M. (2011). Development of ITS sequence based SCAR markers for discrimination of Paphiopedilum armeniacum, Paphiopedilum micranthum, Paphiopedilum delenatii and their hybrids. Scientia Horticulturae127(3), 405-410.

Trần Nhân Dũng. (2014). Sổ tay Thí nghiệm Công nghệ Sinh học. Nxb Đại học Cần Thơ.

Trương Thị Đẹp. (2007). Thực vật dược. Nhà xuất bản Giáo dục, Hà Nội. Tr. 90-100.

Võ Văn Chi. (2009). Bài thuốc hay từ cây thuốc quý. Nhà xuất bản Y học. Tr. 216-217.

Wang, C. Z., Li, P., Ding, J. Y., Jin, G. Q., & Yuan, C. S. (2005). Identification of Fritillaria pallidiflora using diagnostic PCR and PCR-RFLP based on nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer sequences. Planta medica71(04), 384-386.

White T.J., T. Bruns, S. Lee, and J. Taylor, 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In PCR protocols a guide to methods and applications, 315–322. Academic Press, San Diego.