Nguyen Van Manh * , Huynh Ky , Huynh Nhu Dien , Nguyen Loc Hien , Nguyen Chau Thanh Tung , Van Quoc Giang and Le Thi Hong Thanh

* Corresponding author (manhb1608855@student.ctu.edu.vn)

Abstract

The water resources for cultivating crops have been restricted in recent years due to the impacts of climate change, especially intrusion of salinity in rice cultivation areas. Rice is known to be a susceptible crop to salt, so the development of rice varieties with the salty genotype is important and urgent. Therefore, the study is to evaluate the salt tolerance gene by SSR molecular marker on 40 improved rice varieties was conducted at College of Agriculture, Can Tho University. The study was selected 12 SSR molecular markers associated with salt tolerance QTL on 12 chromosomes, comparing between saline-tolerant control genotype (Pokkali) and saline-sensitive control genotype (IR28) with 40 rice improved varities/lines developed by Can Tho University. The results showed that there were two varieties lines (MTL 259 and MTL 308) that were classified into the same group with saline tolerance control Pokkali tolerance. Thus, these two varieties/lines may carry salt tolerance QTLs as Pokkali. This result is a base for further studies on salt tolerant rice varieties/lines.
Keywords: MTL rice variety, QTL, salt, SSR

Tóm tắt

Trong những năm gần đây, biến đổi khí hậu gây tác động ngày càng nghiêm trọng đến lượng nước canh tác cây trồng, đặc biệt hiện tượng xâm nhiễm mặn cho vùng canh tác cây lúa. Lúa là đối tượng cây trồng rất mẫn cảm với mặn, do đó việc nghiên cứu chọn tạo các giống lúa có mang kiểu gene chịu được mặn là cấp thiết. Vì vậy, đề tài đánh giá kiểu gene chịu mặn bằng dấu chỉ thị phân tử SSR trên 40 giống lúa cải tiến được tiến hành tại Khoa Nông nghiệp, Trường Đai học Cần Thơ. Nghiên cứu đã chọn 12 dấu phân tử SSR liên kết với Quantitative Trait Loci (QTL) mang tính trạng chịu mặn nằm trên 12 nhiễm sắc thể (NST) so sánh kiểu gen giữa giống chuẩn chống chịu mặn (Pokkali) và giống chuẩn mẫn cảm mặn (IR28) với 40 giống/dòng lúa cải tiến của Trường Đại học Cần Thơ. Kết quả cho thấy có 2 giống/dòng (MTL 259 và MTL 308) được xếp vào nhóm với giống chuẩn chống chịu mặn Pokkali. Như vậy 2 giống/dòng này có thể có mang các QTL chịu mặn nhưng giống như Pokkali. Kết quả này là cơ sở cho các nghiên cứu tiếp về các giống/dòng lúa cải tiến có khả năng chịu mặn trong tương lai.
Từ khóa: MTL, Măn, QTL, SSR

Article Details

References

An Chi, 2020. Xâm nhập mặn ngày càng nghiêm trọng tại Đồng bằng sông Cửu Long. Báo kiểm toán nhà nước. Địa chỉ: http://baokiemtoannhanuoc.vn/kinh-te---xa-hoi/chi-tiet-bai-viet-cua-143243.

Collard, B., Jahufer, M., Brouwer, J., and Pang, E., 2005. An introduction to markers, quantitative trait loci (QTL) mapping and marker-assisted selection for crop improvement: The basic concepts. Euphytica142(1-2): 169-196.

Leon, T. B. D., Linscombe, S., and Shubudhi, P.K., 2017. Identification and validation of QTLs for seedling salinity tolerance in introgression lines of a salt tolerant rice landrace 'Pokkali'. PloSone 12(4): e0175361-e0175361.

Doyle, J.J., and Doyle, J.L., 1990. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, 12(1): 13-15.

Gregorio, G.B., Senadhira, D., and Mendoza, R.D., 1997. Screening rice for salinity tolerance, vol 22, IRRI discussion paper series. International Rice Research Institute.

Islam, F., Wang, J., Farooq, M.A., et al.2018. ZhouPotentialimpact of the herbicide 2,4-dichlorophenoxyacetic acid on human and ecosystems. Environment International, 111, pp. 332-351.

Khush, G.S., 1997. Origin, dispersal, cultivation and variation of rice. Plant Molecular Biology, 35(1-2), 25-34.

Khush, G. S., 2005. What it will take to feed 5.0 billion rice consumers in 2030. Plant Molecular Biology, 59(1): 1-6.

Lin, H. X., Zhu, M. Z., Yano, M., et al., 2004. QTLs for Na+ and K+ uptake of the shoots and roots controlling rice salt tolerance. Theoretical and Applied Genetics, 108(2): 253-260.

Lin, Y.C., Lee, Y.H.W., and Lin, J.J., 2007. Genetic analysis reveals essential and non-essential amino acids within the telomeric DNA-binding interface of Cdc13p. The Biochemical Journal 403: 289-295.

Ren, G.Y., Chu, Z.Y., and Zhou, Y.Q., 2005. Recent progresses in studies of regional temperature changes in China. Climatic and Environmental Research, 10(4): 701-716

Roy, S.C. and Sharma, B.D., 2014. Assessment of genetic diversity in rice [Oryza sativa L.] germplasm based on agro-morphology traits and zinc-iron content for crop improvement. Physiology and Molecular Biology of Plants 20(2): 209-224.

Shannon, L. V., 1985. The Benguela ecosystem. I: Evolution of the Benguela physical features and processes. Oceanography and Marine Biology, 23: 105-182.

Subudhi, P.K, Sasaki, T., and Khush, G.S., 2006. Rice. In: Kole C, editor. Genome mapping and molecular breeding in plants. Berlin: Springer Verlag. pp. 1–78.

FAO, 2006. The state of food and agriculture. FAO Agriculture Series No, 37.

Thomson, M.J., Ocampo, M., Egdane, J., et al., 2010. Characterizing the Saltolquantitative trait locus for salinity tolerance in rice. Rice 3(2), 148 - 160. (Trích dẫn dòng 141)

Bộ nông nghiệp mỹUSDA, 2018. Dự báo toàn cảnh thị trường lúa gạo thế giới năm 2018/2019. https://apps.fas.usda.gov/psdonline/circulars/grain.pdf.

Wang, Z., Chen, Z., Cheng, J., et al. 2012. QTL analysis of Na+ and K+ concentrations in roots and shoots under different levels of NaCl stress in rice (Oryza sativa L.). PloSone 7(12): e51202.

Yeo, A. R., and Flowers, T. J., 1986. Salinity resistance in rice (Oryza sativa L.) and a pyramiding approach to breeding varieties for saline soils. Functional Plant Biology, 13(1): 161-173.