Ứng dụng marker phân tử DNA barcode trong định danh các mẫu Moina spp. phân lập tại khu vực Đồng bằng sông Cửu Long

Abstract

Species of the genus Moina (Baird, 1850) often dominate the freshwater crustacean communities. Some species of Moina are used as food for fish larvae in aquaculture and as biological indicators in toxicological studies in aquatic environments. This study is aimed to investigate the species diversity of Moina spp. in the Mekong Delta region (An Giang, Dong Thap, Can Tho, Ben Tre and Long An province) by morphological analysis method and DNA barcoding method based on the mitochondrial cytochrome coxidase subunit I (mtCOI) gene sequence. Fourty eight Moina sp. specimens from this study were successfully sequenced their mtCOI genes. Five groups of Moina sp. were identified in 48 specimens examined, and the occurrence frequency of M. micrura was higher than that of M. macrocopa. The results revealed that 4/48 Moina sp. specimens belonging to group V showed 99% nucleotide similarity with M. macrocopa, whereas 31/48 specimens of group I exhibited 99% nucleotide similarity with M. micrura. Meanwhile, the mtCOI gene sequence divergence of group II (8/48 specimens), group III (4/48 specimens) and group IV (1/48 specimen) were more than 10% in comparison with the Moina mtCOI sequences published on National Center for Biotechnology Information (NCBI) Genbank^®.

Tóm tắt

Trong quần thể giáp xác nước ngọt, các loài thuộc giống Moina (Baird, 1850) thường chiếm ưu thế. Hiện nay, một số loài Moina spp. được sử dụng làm thức ăn cho ấu trùng cá trong nuôi trồng thủy sản và làm chất chỉ thị sinh học trong các nghiên cứu độc chất học trong môi trường nước. Trong nghiên cứu này, các mẫu Moina sp. tại năm tỉnh thành thuộc khu vực Đồng bằng sông Cửu Long (An Giang, Đồng Tháp, Cần Thơ, Bến Tre và Long An) được định danh bằng hình thái và ứng dụng marker phân tử DNA barcode dựa trên gen ty thể cytochrome coxidase subunit I (mtCOI). Nghiên cứu đã giải trình tự thành công đoạn gen mtCOI của 48 mẫu Moina sp. phân lập được. Kết quả phân tích cho thấy loài M. micrura hiện diện nhiều nhất, kế đến là loài M. macrocopa và các mẫu Moina spp. được phân thành năm nhóm di truyền; trong đó, 31/48 mẫu Moina sp. thuộc nhóm I tương đồng 99% với M. micrura; 4/48 mẫu Moina sp. thuộc nhóm V, tương đồng 99% với loài M. macrocopa; 8/48 mẫu Moina sp. thuộc nhóm II, 4/48 mẫu Moina sp. thuộc nhóm III và 1/48 mẫu Moina sp. thuộc nhóm IV chứa trình tự gen mtCOI có sự tương đồng thấp hơn 90% so với các loài Moina đã được công bố trên Trung tâm Thông tin Công nghệ sinh học Quốc gia (NCBI), Hoa Kỳ nên có thể được ghi nhận là những loài Moina mới, chưa có trình tự mtCOI trên ngân hàng gen.