Đa dạng di truyền các giống sầu riêng (Durio zibethinus) dựa trên trình tự dna mã vạch và chỉ thị phân tử ISSR
,
,
,
,
và
Article Sidebar
Full Text: 
PDF
Abstract
Durian (Durio zibethinus) is one of the special fruits in Vietnam favored with high trade in the world. Currently, there are many varieties of durians grown in the Mekong Delta, and it is challenged to distinguish them through morphology. This study was aimed to examine genetic diversity based on DNA barcode and the ISSR molecular marker. The DNA sequences of three barcode DNA candidates, including ITS, matK, rpoC1 of nine varieties (Ri-6, Monthong, Kho Qua Xanh, Chin Hoa, Sua Hat Lep, Chuong Bo, Bi, Musang King, and Sau Huu) collected from Can Tho, Tien Giang, Ben Tre and Vinh Long were sequenced and analyzed. Six SNPs were identified from the ITS sequence between individuals Ri-6-Ben Tre, Monthong-Tien Giang, Chuong Bo-Tien Giang, Sua Hat Lep-Can Tho, and Sau Huu-Tien Giang. For the matK gene, nine SNPs were found to distinguish Ri-6 individuals (Can Tho and Southern Fruit Research Institute), Chin Hoa-Ben Tre, Sua Hat Lep-Ben Tre and Sau Huu-Tien Giang. The rpoC1 gene was highly conservative between varieties in this study. The ISSR molecular markers classified such durian varieties into five groups and showed clear differences between the exotic varieties of Musang King-Vinh Long and Monthong-Tien Giang.
Tóm tắt
Sầu riêng (Durio zibethinus) là một trong những giống cây ăn quả đặc sản của Việt Nam được thị trường ưa chuộng. Hiện nay có nhiều giống sầu riêng được trồng tại Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) và khó phân biệt được qua hình thái. Đề tài được thực hiện nhằm bước đầu khảo sát về mặt di truyền dựa trên DNA mã vạch và chỉ thị phân tử ISSR. Trình tự DNA của ba locus DNA mã vạch gồm ITS, matK, rpoC1 của chín giống (Ri-6, Monthong, Khổ Qua Xanh, Chín Hóa, Sữa Hạt Lép, Chuồng Bò, Bí, Musang King và Sáu Hữu) được thu từ Cần Thơ, Tiền Giang, Bến Tre và Vĩnh Long đã được giải trình tự và phân tích. Nghiên cứu đã xác định 6 SNPs của vùng ITS giữa các cá thể Ri-6-Bến Tre, Monthong-Tiền Giang, Chuồng Bò-Tiền Giang, Sữa Hạt Lép-Cần Thơ và Sáu Hữu-Tiền Giang. Đối với vùng trình tự matK tìm được 9 SNPs phân biệt được các cá thể Ri-6 (Cần Thơ và Viện Cây ăn quả miền Nam), Chín Hóa-Bến Tre, Sữa Hạt Lép-Bến Tre và Sáu Hữu-Tiền Giang. Vùng trình tự rpoC1 có độ bảo tồn cao giữa các giống trong nghiên cứu. Cây phân loại dựa trên các dấu phân tử ISSR đã tách các giống sầu riêng thành 5 nhóm và cho thấy sự khác biệt rõ của giống sầu riêng nhập ngoại Musang King-Vĩnh Long và cá thể sầu riêng Monthong-Tiền Giang.
Article Details
Tài liệu tham khảo
Angeliena, A., Ma’ruf, A., Sidiq, H. A., Anggraito, Y. U., Habibah, N. A., Huyop, F. Z., & Retnoningsih, A. (2019, September). The diversity of superior Indonesian durians based on molecular markers. In AIP Conference Proceedings (Vol. 2155, No. 1, p. 020043). AIP Publishing LLC.
Bộ Công Thương. (2019). Báo cáo xuất nhập khẩu Việt Nam 2018. Nhà xuất bản Công Thương.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. (2013). Quyết định về việc phê duyệt quy định vùng cây ăn quả chủ lực trồng tập trung và định hướng rải vụ một số cây ăn quả ở Nam bộ đến năm 2020 (1648/QĐ-BNN-TT). https://www.mard.gov.vn/VanBan/Pages/he-thong-van-ban.aspx.
Đinh Thị Phòng, Trần Thị Liễu, Vũ Thị Thu Hiền & Hoàng Thanh Lộc. (2018). Đa dạng nucleotide vùng ITS gen nhân và các gen lục lạp (matK, rbcL, rpoC1) loài Trám đen (Canarium nigrum) ở một số tỉnh phía Bắc, Việt Nam. Tạp chí Công nghệ Sinh học, 16(3), 439-450.
Husin, N. A., Rahman, S., Karunakaran, R. & Bhore, S. J. (2018). A review on the nutritional, medicinal, molecular and genome attributes of Durian (Durio zibethinus L.), the King of fruits in Malaysia. Bioinformation, 14(6), 265-270. 0.6026/97320630014265
Hebert, P. D., Cywinska, A., Ball, S. L., & Dewaard, J. R. (2003). Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences. 270(1512), 313-321.
Hồ Viết Thế, Ngô Thị Kim Anh, Phan Thị Huyền Trang & Tạ Thị Thanh Thúy. (2019, January 11). So sánh chỉ thị RAPD và ISSR trong phân tích đa dạng di truyền của một số giống chanh dây. Kỷ yếu Hội nghị Công nghệ Sinh học toàn quốc năm. Thành phố Hồ Chí Minh. https://dost.hochiminhcity.gov.vn/documents/1014/Kyyeu2019.pdf
Kerdelhué, C., Roux, G., Forichon, J., Chambon, J., Robert, A., & Lieutier, F. (2002). Population genetic structure of Tomicus piniperda L. (Curculionidae: Scolytinae) on different pine species and validation of T. destruens (Woll.). Molecular Ecology, 11(3), 483-494.
Kyndt, T., Van-Droogenbroeck, B., Romeijn-Peeters, E., Romero-Motochi, J. P., Scheldeman, X., Goetghebeur, P., & Gheysen, G. (2005). Molecular phylogeny and evolution of Caricaceae based on rDNA internal transcribed spacers and chloroplast sequence data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 37(2), 442-459.
Lê Y Phụng, Văn Quốc Giang, Nguyễn Lộc Hiền, Trần Văn Hâu & Huỳnh Kỳ (2018). Khảo sát đặc điểm hình thái và đặc tính di truyền bằng dấu chỉ thị phân tử ISSR của các giống Thanh Trà (Bouea oppositifolia (Roxb.) Meisn) tại thị xã Bình Minh, tỉnh Vĩnh Long. Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, 54(1B), 50-60.
Nguyễn Danh Vàn. (2008). Kĩ thuật canh tác cây ăn trái - Cây sầu riêng. Nhà xuất bản Tổng hợp Thành phố Hồ Chí Minh.
Rogers, S. O., & Bendich, A. J. B. (1988). Extraction of DNA from plant tissues. Plant molecular Biology Manual. Kluwer Academic Publishers.
Shearman, J. R., Sonthirod, C., Naktang, C., Sangsrakru, D., Yoocha, T., Chatbanyong, R., & Pootakham, W. (2020). Assembly of the durian chloroplast genome using long PacBio reads. Scientific reports, 10(1), 1-8.
Sneath, P. H., & Sokal, R. R. (1973). Numerical taxonomy. The principles and practice of numerical classification. Systematic Zoology, 24(2), 263-268.
Stankiewicz, M., Gadamski, G., & Gawronski, S. W. (2001). Genetic variation and phylogenetic relationships of triazine resistant and triazine susceptible biotypes of Solanum nigrum analysis using RAPD markers. Weed Research, 41(4), 287–300.
Tassanee, S., Theerachai, T., & Narumol, T. (2018). Assessment of genetic relationship and identification of durian (Durio zibethinus Murr.) using nucleotide sequences of rbcL gene. Thai Journal of Science and Technology, 7(2), 191-201.
Trần Nhân Dũng & Đỗ Tấn Khang. (2012). Đa dạng di truyền các giống xoài (Mangifera sp.) bằng kĩ thuật sinh học phân tử. Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, 22, 175-185.
Trần Nhân Dũng & Trần Thị Lê Quyên. (2012). Đa dạng di truyền các giống/dòng Măng cụt (Garcinia mangostana L.) dựa trên dấu phân tử ISSR ở Bình Dương. Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, 2(23a), 253-261.
Vanijajiva, O. (2012). The application of ISSR markers in genetic variance detection among Durian (Durio zibethinus Murr.) cultivars in the Nonthaburi province, Thailand. Procedia Engineering, 32(2012), 155-159. https://doi.org/10.1016/j.proeng.2012.01.1250
White, T. J., Bruns, T., Lee, S. J. W. T., & Taylor, J. (1990). Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. PCR protocols: A guide to methods and applications. Academic Press.