Lê Văn Hậu * , Lê Lưu Phương Hạnh , Ngô Huỳnh Phương Thảo , Nguyễn Phúc Cẩm Tú Nguyễn Quốc Bình

* Tác giả liên hệ (levanhauts@gmail.com)

Abstract

Species of the genus Moina (Baird, 1850) often dominate the freshwater crustacean communities. Some species of Moina are used as food for fish larvae in aquaculture and as biological indicators in toxicological studies in aquatic environments. This study is aimed to investigate the species diversity of Moina spp. in the Mekong Delta region (An Giang, Dong Thap, Can Tho, Ben Tre and Long An province) by morphological analysis method and DNA barcoding method based on the mitochondrial cytochrome coxidase subunit I (mtCOI) gene sequence. Fourty eight Moina sp. specimens from this study were successfully sequenced their mtCOI genes. Five groups of Moina sp. were identified in 48 specimens examined, and the occurrence frequency of M. micrura was higher than that of M. macrocopa. The results revealed that 4/48 Moina sp. specimens belonging to group V showed 99% nucleotide similarity with M. macrocopa, whereas 31/48 specimens of group I exhibited 99% nucleotide similarity with M. micrura. Meanwhile, the mtCOI gene sequence divergence of group II (8/48 specimens), group III (4/48 specimens) and group IV (1/48 specimen) were more than 10% in comparison with the Moina mtCOI sequences published on National Center for Biotechnology Information (NCBI) Genbank®.
Keywords: Cytochrome coxidase subunit I (COI), DNA barcoding, Moina macrocopa, Moina micrura

Tóm tắt

Trong quần thể giáp xác nước ngọt, các loài thuộc giống Moina (Baird, 1850) thường chiếm ưu thế. Hiện nay, một số loài Moina spp. được sử dụng làm thức ăn cho ấu trùng cá trong nuôi trồng thủy sản và làm chất chỉ thị sinh học trong các nghiên cứu độc chất học trong môi trường nước. Trong nghiên cứu này, các mẫu Moina sp. tại năm tỉnh thành thuộc khu vực Đồng bằng sông Cửu Long (An Giang, Đồng Tháp, Cần Thơ, Bến Tre và Long An) được định danh bằng hình thái và ứng dụng marker phân tử DNA barcode dựa trên gen ty thể cytochrome coxidase subunit I (mtCOI). Nghiên cứu đã giải trình tự thành công đoạn gen mtCOI của 48 mẫu Moina sp. phân lập được. Kết quả phân tích cho thấy loài M. micrura hiện diện nhiều nhất, kế đến là loài M. macrocopa và các mẫu Moina spp. được phân thành năm nhóm di truyền; trong đó, 31/48 mẫu Moina sp. thuộc nhóm I tương đồng 99% với M. micrura; 4/48 mẫu Moina sp. thuộc nhóm V, tương đồng 99% với loài M. macrocopa; 8/48 mẫu Moina sp. thuộc nhóm II, 4/48 mẫu Moina sp. thuộc nhóm III và 1/48 mẫu Moina sp. thuộc nhóm IV chứa trình tự gen mtCOI có sự tương đồng thấp hơn 90% so với các loài Moina đã được công bố trên Trung tâm Thông tin Công nghệ sinh học Quốc gia (NCBI), Hoa Kỳ nên có thể được ghi nhận là những loài Moina mới, chưa có trình tự mtCOI trên ngân hàng gen.
Từ khóa: Cytochrome coxidase subunit I (COI), mã vạch DNA, Moina macrocopa, Moina micrura

Article Details

Tài liệu tham khảo

Bekker, E. I., Karabanov, D. P., Galimov Y. R. and Kotov A. A., 2016. DNA barcoding reveals high cryptic diversity in the North Eurasian Moina species (Crustacea: Cladocera). PLos One, 11(8): e0161737.doi:10.1371/journal.pone.0161737.

Cox, A. J. and Hebert, P. D. N., 2001. Colonization, extinction and phylogeographic patterning in a freshwater crustacean. Molecular Ecology, 10(2): 371-386.

Folmer, O., Black, M., Hoeh, W., Lutz, R. and Vrijenhoek, R.., 1994. DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates. Molecular Marine Biology and Biotechnology, 3(5): 294-299.

Hebert, P. D. N., Cywinska, A., Ball, S. L. and deWaard, J. R., 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the royal society B: Biological sciences. 270(1512): 313-321.

Islam, M. R., Hassan, M. R., Begum, M., Punom, N. J., Begum, M. K., Sultana, N. and Rahman, M. S., 2017. Effects of feeding zooplankton, Moina macrocopa(Straus, 1820 ) on the growth of Nile tilapia Oreochromis niloticus L. Bangladesh Journal of Scientific and Industrial Research, 52(2): 81-88.

Knowlton, N. and Weigt, L. A., 1998. New dates and new rates for divergence across the isthmus of Panama. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 265(1412): 2257-2263.

Kotani,T., Imari, H., Miyashima, A. and Fushimi, H., 2016. Effects of feeding with frozen freshwater cladoceran Moina macrocopa on the performance of red sea bream Pagrus major larviculture. Aquaculture International, 24(1): 183-197.

Olojo, E. A. A., Olurin, K. B. and Osikoya, O, J., 2003. Food and feeding habits of Synodontis nigrita from the Osun river, South West Nigeria, Naga. Worldfish Center Quarterly, 26(4): 21-24.

Rottmann, R. W., Graves, J. S., Watson, C. and Yanong, R. P. E., 2003. Culture techniques of Moina: The ideal Daphnia for feeding to freshwater fish fry. CIR 1054/FAO24, pp. 2-9.

Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A. and Kumar, S., 2013. MEGA6: Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution, 30(12): 2725-2729.

Vũ Ngọc Út, 2011. Vai trò của thức ăn tự nhiên trong nuôi trồng thủy sản, truy cập ngày 18 tháng 07 năm 2017. Địa chỉ: http://uv-vietnam.com.vn/NewsDetail.aspx?newsId=775.

Vũ Ngọc Út và Dương Thị Hoàng Oanh., 2013. Giáo trình động và thực vật thủy sinh. Nhà xuất bản Đại học Cần Thơ. Thành phố Cần Thơ, 342 trang.

Wares, J. P. and Clifford W. C., 2001. Phylogeography and historical ecology of the north atlantic intertidal. Evolution, 55(12): 2455-2469.

Witty. L. M., 2004. Practical guide to identifying freshwater crustacean zooplankton, second edition. Canada, 60 pages.