Phát hiện vi khuẩn Aeromonas schubertii gây đốm trắng ở nội quan cá lóc (Channa striata) bằng phương pháp PCR

Abstract

The PCR procedure to detect Aeromonas schubertii bacteria, which causes white inclusions in internal organs of snakehead fish, was carried out and standardized. The primer pairs Schubertii-16S- (UF-2) F and Schubertii-16S- (UF-2) R (Demarta et al., 1999) were used to amplify the 16s rDNA gene for A. schubertii with a 322-bp PCR product was used in order to shorten the detection time and specific to the causative agent. The optimized PCR procedure includes 1 mM MgCl 2, 1U Taq DNA polymerase and 0.2 mM dNTPs. The detection limit of this PCR protocol is approximately of 30 ng DNA. The specificity of the primer pair is determined to detect only A. schubertii bacteria without detection of some common bacterial pathogens in aquaculture such as Streptococcus agalactiae, Aeromonas hydrophila, Vibrio parahaemolyticus, Edwardsiella ictaluri and Flavobactertium columnare.

Tóm tắt

Quy trình PCR phát hiện vi khuẩn Aeromonas schubertii gây bệnh đốm trắng nội quan trên cá lóc được thực hiện và chuẩn hóa. Cặp mồi Schubertii-16S- (UF-2) F và Schubertii-16S- (UF-2) R (Demarta et al., 1999) được sử dụng để khuếch đại gen 16s rDNA cho vi khuẩn A. schubertii với kích thước sản phẩm PCR là 322 bp được thực hiện nhằm rút ngắn thời gian và phát hiện chính xác tác nhân gây bệnh. Quy trình PCR được chuẩn hóa có thành phần phản ứng là 1 mM MgCl₂, 1U Taq DNA polymerase và 0,2 mM dNTPs, 0,25 µM mồi Schubertii-16S- (UF-2) F và 0,25 µM Schubertii-16S- (UF-2) R. Độ nhạy của qui trình PCR là 30ng DNA /phản ứng. Tính đặc hiệu của cặp mồi được xác định là chỉ phát hiện A. schubertii mà không phát hiện được một số loài vi khuẩn gây bệnh trong thủy sản như: Streptococcus agalactiae, Aeromonas hydrophila, Vibrio parahaemolyticus, Edwardsiella ictaluri và Flavobactertium columnare.