Sự lưu hành và biến đổi di truyền của virus cúm gia cầm Type A H5N1 trên gia cầm tại một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long

Abstract

Avian influenza disease is an acute infectious disease of avian caused by Orthomyxoviridae virus. The present study on the circulation and genetic variation of type A H5N1 avian influenza virus in Hau Giang, Soc Trang, Tra Vinh and Vinh Long provinces has been conducted by sampling swabs on poultry (healthy chicken and duck) trading at live bird market or slaughterhouses. The swab samples were tested  using Real time RT-PCR technique to identify type A H5N1 avian influenza virus and to define the rate of prevalence and further implement HA gene sequencing for determination of genetic variation and clade. It was shown that the average prevalence of type A H5N1 avian influenza virus on poultry in above provinces in the Mekong delta  was 6,5% whereas  the prevalence of type A H5N1 avian influenza virus on duck and chicken was 9,7%  and 4%, respectively. Besides, results of genetic variation investigation showed that nucleotide differentiation between circulating strains in the provinces and the reference strain A/Hong Kong/6841/2010 was from 2.3 – 3.2% . The amino acid sequence motif at connecting position between HA1 and HA2 segment was Q-ERRRKR-G and similar to the sequence of reference strain A/Hong Kong/6841/2010. The strains of type A H5N1 avian influenza virus circulating in the provinces of Hau Giang, Soc Trang, Tra Vinh and Vinh Long belong to virus clade of 2.3.2.1c.

Tóm tắt

Cúm gia cầm là bệnh truyền nhiễm cấp tính của loài gia cầm do virus cúm thuộc họ Orthomyxoviridae gây ra. Trong nghiên cứu sự lưu hành và biến đổi di truyền của virus cúm gia cầm type A H5N1 tại các tỉnh Hậu Giang, Sóc Trăng, Trà Vinh và Vĩnh Long đã tiến hành lấy mẫu dịch hầu họng (swab) trên gà, vịt khỏe bán tại các chợ và các lò giết mổ. Các mẫu dịch hầu họng được xét nghiệm bằng kỹ thuật Real time RT-PCR để định danh virus cúm gia cầm type A H5N1 nhằm xác định tỷ lệ lưu hành. Giải trình tự gene HA đối với một số mẫu đại diện để xác định sự biến đổi di truyền và clade virus. Kết quả cho thấy, tỷ lệ lưu hành của virus cúm gia cầm type A H5N1 trên gia cầm tại bốn tỉnh vùng Đồng bằng sông Cửu Long (Hậu Giang, Sóc Trăng, Trà Vinh, Vĩnh Long) là 6,5%, tỷ lệ lưu hành trên vịt là 9,7% và trên gà là 4%. Bên cạnh đó, kết quả khảo sát sự biến đổi di truyền cho thấy, tỷ lệ nucleotide của các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 lưu hành tại các địa phương sai khác so với chủng virus tham chiếu A/Hong Kong/6841/2010 từ 2,3-3,2%. Trình tự các acid amin ở vị trí nối kết giữa đoạn HA1 và HA2 là Q-ERRRKR-G tương đồng với trình tự của chủng virus tham chiếu A/Hong Kong/6841/2010. Các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 lưu hành tại các tỉnh Hậu Giang, Sóc Trăng, Trà Vinh và Vĩnh Long thuộc clade 2.3.2.1c