DNA BARCODING MỘT SỐ LOÀI CÁ NƯỚC NGỌT Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG

Vũ Đặng Hạ Quyên * , Đặng Thúy Bình , Trương Thị Oanh và Thái Thị Lan Phương

* Tác giả liên hệ (vdhquyen@nomail.com)

Article Sidebar

Full Text: PDF

Ngày nhận bài: 10-06-2014
Ngày duyệt đăng: 04-08-2014
Ngày xuất bản: 24-09-2014
Title: DNA barcoding of freshwater fishes in the Mekong Delta
Lượt xem
203
Downloads
178
Trích dẫn
Quyên, V. Đ. H., Bình, Đ. T., Oanh, T. T., & Phương, T. T. L. (2014). DNA BARCODING MỘT SỐ LOÀI CÁ NƯỚC NGỌT Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG. Tạp chí Khoa học Đại học Cần Thơ, (CĐ Thủy sản), 123-131. Truy vấn từ https://ctujsvn.ctu.edu.vn/index.php/ctujsvn/article/view/1816
Số báo
Số. CĐ Thủy sản (2014)
Chuyên mục
Thủy sản

Abstract

The Mekong Delta in Vietnam is known as a very rich area supplied with rich alluvial deposits from the Mekong flows, known in high biodiversity of fishes. Our study focuses on identification of freshwater fish species in this area. Based on morphological characteristics, this study found 22 species belonging to 17 genus, 15 families, 8 orders. Sequences of 16S rRNA in mitochondrial DNA were used to test the reliability of classification as well as examine phylogenetic relationships among species. The phylogram showed the monophyly of studied fish genera, however, genetic difference of 16S rRNA sequences has been found between current species and species reported in genbank. These data can be used as data sources for studies on biodiversity and management of fisheries resources in the Mekong Delta in Vietnam.

Keywords: DNA barcoding, freshwater fish, morphology, the Mekong Delta, Vietnam

Tóm tắt

Đồng bằng sông Cửu Long được biết đến là một vùng đất trù phú nhờ phù sa bồi đắp từ dòng chảy của sông Mekong, đồng thời rất đa dạng về các loài cá. Nghiên cứu của chúng tôi tập trung vào phân loại một số loài cá nước ngọt ở khu vực này. Dựa vào đặc điểm hình thái, nghiên cứu phát hiện được 22 loài cá thuộc 17 giống, 15 họ, 8 bộ. Sử dụng trình tự gen 16S rRNA của DNA ty thể để kiểm chứng phân loại dựa vào hình thái và xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại của các loài cá nghiên cứu. Cây phân loại cho thấy sự đồng dạng của các giống cá nghiên cứu, tuy nhiên, có sự khác biệt trình tự gen 16S giữa các loài trong nghiên cứu hiện tại và loài tương tự trên Genbank. Dữ liệu này có thể được sử dụng như nguồn dữ liệu đầu vào cho các nghiên cứu đa dạng sinh học và quản lý nguồn lợi thủy sản Đồng bằng sông Cửu Long.
Từ khóa: DNA barcoding, cá nước ngọt, hình thái, Đồng bằng sông Cửu Long, Việt Nam

Article Details

Tài liệu tham khảo

Hall, T. A. (1999), “BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT”, Nucleic Acids Symposium Series, 41, pp. 95-98.

Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L. and deWaard, J.R. 2003a. Biological identifications through DNA barcodes. Proceeding of Royal Society Part B: Biological Sciences 270 (1512): 313–322. doi: 10.1098/rspb.2002.2218.

Inoue, J. G., Kumazawa,Y., Miya, M. and Nishida, M. 2009, The historical biogeography of the freshwater knifefishes using mitogenomic approaches: a mesozoic origin of the Asian notopterids (Actinopterygii: Osteoglossomorpha), Mol. Phylogenet. Evol., 51 (3), pp. 486-499.

Jumawan, J.C., Vallejo, B.M., Herrer,A.A., Buerano, C.C. and Fontanilla, I.K.C. 2011. DNA barcodes of the suckermouth sailfin catfish Pterygoplichthys (Siluriformes: Loricariidae) in the Marikina River system, Philippines: Molecular perspective of an invasive alien fish species. Philippine Science Letters, 4(2).

Karinthanyakit, W., Jondeung, A. 2012. Molecular phylogenetic relationships of Pangasiid and Schilbid catfishes in Thailand. In: Journal of Fish Biology (Impact Factor: 1.83) (2012) 80(7):2549-70. doi:10.1111/j.1095-8649.2012.03303.x

Muchlisin, Z.A., Thomy, Z., Fadli, N., Sarong, M.A. and Siti-azizah, M.N.. 2013. DNA barcoding of freshwater fishes from Lake Laut Tawar, Aceh Province, Indonesia. Acta Ichthyologica et Piscatoria, 43(1): 21–29.doi: 10.3750/AIP2013.43.1.04

Nguyễn Thanh Tùng, Nguyễn Nguyễn Du và Lâm Ngọc Châu. 2005. Thành phần loài thủy sản trên các thủy vực tỉnh Vĩnh Long. Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Vĩnh Long. 165 trang.

Nguyễn Văn Hảo, 2005. Cá nước ngọt Việt Nam. Tập II. Lớp cá sụn và bốn liên bộ của nhóm cá xương ( Liên Bộ cá Thát lát, Liên Bộ cá dạng Trích, Tổng Bộ cá dạng Cháo và Liên Bộ cá dạng Chép). Nhà xuất bản Nông nghiệp. Hà Nội. 760 trang.

Nguyễn Văn Hảo, 2005. Cá nước ngọt Việt Nam.Tập III. Ba Liên Bộ của Lớp cá Xương (Liên Bộ cá dạng Mang ếch, Liên Bộ cá dạng Suốt và Liên Bộ cá dạng Vược). Nhà xuất bản Nông nghiệp. Hà Nội. 759 trang.

Palumbi, S., Martin, A., Romano, S., Mcmillan, W.O., Stice, L. and Grabowski, G., 1991. The Simple Fool's Guide to PCR, version 2. University of Hawaii Press Honolulu.

Pereira, L.H.G., Hanner, R., Foresti1, F., and Oliveira, C.2013. Can DNA barcoding accurately discriminate megadiverse Neotropical freshwater fish fauna? BMC Genetics(2013), 14:20. doi:10.1186/1471-2156-14-20.

Pouyaud, L., Gustiano, R. and Legendre, M., 1998. Phylogenetic relationships among pangasiid catfishspecies (Siluriformes, Pangasiidae) and new insights on their zoogeography. In : The biological diversity and aquaculture of Clariid and Pangasiid catfishes in South-East Asia. Proceedings of the mid-term workshop of the “Catfish Asia Project”, 11-15 May. Can Tho, Vietnam. Pages 49-56.

Rainboth, W.J., 1996. Fishes of the Cambodian Mekong. FAO Species Identification Field Guide for Fishery Purposes. FAO, Rome. 265 pages, 27 plates.

Rüber, L., Britz, R. and Zardoya, R. 2006.Molecular Phylogenetics and Evolutionary Diversification of Labyrinth Fishes (Perciformes: Anabantoidei). In:Systematic Biology (2006) 55 (3): 374-397. doi: 10.1080/10635150500541664.

Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., and Kumar, S. (2013), “MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0”,Molecular Biology and Evolution, 30, pp. 2725-2729.

Tổng cục Thống kê, 2012. Diện tích, dân số và mật độ dân số năm 2012 phân theo địa phương <http://www.gso.gov.vn/default.aspx?tabid=387&idmid=3&ItemID=14632>, truy cập ngày 30/04/2013.

Trần Đắc Định, Shibukawa, K., Nguyễn, T.P., Hà, P.H., Trần, X.L., Mai, V.H., Utsugi, K.. 2013. Mô tả định loại cá Đồng bằng sông Cửu Long, Việt Nam. Nhà xuất bản Đại học Cần Thơ. Cần Thơ. 174 trang.

Zhang, J.. 2011. Species Identification of Marine Fishes in China with DNA barcoding. In:Evidence – Based Complementary and Alternative Medicine. Volume 2011, Article ID 978253, 10 pages. Hindawi Publishing Corporation. doi:10.1155/2011/978253.