SO SÁNH TRÌNH TỰ MỘT SỐ GENE MÃ VẠCH CỦA CÁ RÔ ĐẦU VUÔNG VÀ CÁ RÔ ĐỒNG TỰ NHIÊN (ANABAS TESTUDINEUS BLOCH, 1792)

Dương Thúy Yên *

* Tác giả liên hệ (thuyyen@ctu.edu.vn)

Article Sidebar

Full Text: PDF

Ngày nhận bài: 23-12-2013
Ngày duyệt đăng: 26-02-2014
Ngày xuất bản: 06-05-2014
Title: Sequence comparison of DNA barcoding genes between new phenotype and wild strains of climbing perch (Anabas testudineus BLOCH, 1792)
Lượt xem
62
Downloads
0
Trích dẫn
Yên, D. T. (2014). SO SÁNH TRÌNH TỰ MỘT SỐ GENE MÃ VẠCH CỦA CÁ RÔ ĐẦU VUÔNG VÀ CÁ RÔ ĐỒNG TỰ NHIÊN (ANABAS TESTUDINEUS BLOCH, 1792). Tạp chí Khoa học Đại học Cần Thơ, (30), 29-36. Truy vấn từ https://ctujsvn.ctu.edu.vn/index.php/ctujsvn/article/view/1756
Số báo
Số. 30 (2014)
Chuyên mục
Chăn nuôi

Abstract

A previous study of the same author on morphological characteristics of climbing perch (Anabas testudineus) strains suggested that morphological differences between square-head climbing perch (SHCP) and wild strains could be within-species diversity. This study aimed to test this hypothesis based on sequence comparison of three DNA barcoding genes in mitochondrial (Cytochrom C oxidase subunit 1, COI, and Cytochrome b, Cyt b) and nuclear DNA (Rhodopsin, Rho) between SHCP and wild climbing perch strains sampled in different provinces in the Mekongdelta. Three haplotypes of COI (15 samples), three of Cty b (21 samples), and only one haplotype of Rho(7 samples) were found. Sequence alignment showed very high degree of identity (99 ? 100%) in three genes of SHCP and wild strains. COI and Cyt b sequences of climbing perch samples in the study were >99% identical to those of Anabas testudineus available in Genbank and BOLD system (www.boldsystem.org). These results proved that square head and normal climbing perch phenotypes are the same species.
Keywords: Climbing perch, Anabas testudienus, DNA barcoding, species taxonomy, COI, Rhodopsin, Cytochrome b

Tóm tắt

Một nghiên cứu trước đây của tác giả về hình thái của các dòng cá rô đồng (Anabas testudineus) cho thấy sự khác biệt về hình thái giữa cá rô đầu vuông và cá rô tự nhiên có thể là sự đa dạng trong cùng một loài. Nghiên cứu này nhằm kiểm tra giả thiết trên dựa vào sự so sánh trình tự 3 gene mã vạch trong ti thể (Gene Cytochrom C oxidase subunit 1, COI, và Cytochrome b, Cyt b) và trong nhân (Gene Rhodopsin, Rho) giữa cá rô đầu vuông và cá rô tự nhiên thu ở các tỉnh khác nhau. Kết quả tìm thấy 3 dạng trình tự của gene COI (trong 15 mẫu), 3 dạng của gene Cyt b (21 mẫu) và 1 dạng gene Rho (7 mẫu) trong các mẫu nghiên cứu. So sánh trình tự các gene cho thấy mức độ tương đồng của các mẫu cá rô đạt rất cao, 99 -100%. Trình tự gene COI và Cty b của cá rô trong nghiên cứu này tương đồng trên 99% với cá rô Anabas testudineus có sẵn ở cơ sở dữ liệu của Genbank và hệ thống BOLD (www.boldsystem.org). Kết quả này chứng tỏ cá rô đầu vuông cùng loài với cá rô đồng thường.
Từ khóa: Cá rô đồng, Anabas testudineus, DNA mã vạch, phân loại loài, COI, Rhodopsin, Cytochrome b

Article Details

Tài liệu tham khảo

Ahrens, D., Fabrizi, S., Sipek, P., Lago, P.K., 2013. Integrative analysis of DNA phylogeography and morphology of the European rose chafer (Cetonia aurata) to infer species taxonomy and patterns of postglacial colonisation in Europe. Molecular Phylogenetics and Evolution 69, 83-94.

Cowart, D.A., Huang, C.Y., Arnaud-Haond, S., Carney, S.L., Fisher, C.R., Schaeffer, S.W., 2013. Restriction to large-scale gene flow vs. regional panmixia among cold seep Escarpia spp. (Polychaeta, Siboglinidae). Molecular Ecology 22, 4147-4162.

Dasmahapatra, K.K., Mallet, J., 2006. Taxonomy: DNA barcodes: recent successes and future prospects. Heredity 97, 254-255.

Dunham, R., 2011. Aquaculture and fisheries biotechnology: genetic approaches. CABI Publishing.

Dương Thúy Yên, 2013. Ảnh hưởng của nguồn gốc cá bố mẹ đến sinh trưởng của cá rô (Anabas testudineus Bloch, 1792) giai đoạn nuôi cá thịt. Tạp chí Nông nghiệp, số 18/2013, 78 – 83.

Dương Thúy Yên và Dương Nhựt Long, 2013. Ảnh hưởng của nguồn gốc cá bố mẹ đến tăng trưởng và tỉ lệ sống của cá rô (Anabas testudineus Bloch, 1792) giai đoạn ương từ cá bột lên cá giống. Tạp chí Nông nghiệp, số 6/2013, 66 – 72.

Dương Thúy Yên và Trương Ngọc Trinh, 2013. So sánh đặc điểm hình thái của cá rô đầu vuông và cá rô đồng tự nhiên (Anabas testudineus). Tạp chí Khoa học Đại Học Cần Thơ, số 29b, 86-95.

Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L., deWaard, J.R., 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences 270, 313-321.

Hebert, P.D.N., Stoeckle, M.Y., Zemlak, T.S., Francis M, C., 2004. Identification of Birds through DNA Barcodes PLoS Biology 10, 1657-1663.

Ivanova, N.V., Zemlak, T.S., Hanner, R.H., Hebert, P.D.N., 2007. Universal primer cocktails for fish DNA barcoding. Molecular Ecology Notes 7, 544-548.

Janzen, D.H., Hallwachs, W., Blandin, P., Burns, J.M., Cadiou, J.-M., Chacon, I., Dapkey, T., Deans, A.R., Epstein, M.E., Espinoza, B., Franclemont, J.G., Haber, W.A., Hajibabaei, M., Hall, J.P.W., Hebert, P.D.N., Gauld, I.D., Harvey, D.J., Hausmann, A., Kitching, I.J., Lafontaine, D.O.N., Landry, J.-F., Lemaire, C., Miller, J.Y., Miller, J.S., Miller, L.E.E., Miller, S.E., Montero, J., Munroe, E., Green, S.R., Ratnasingham, S., Rawlins, J.E., Robbins, R.K., Rodriguez, J.J., Rougerie, R., Sharkey, M.J., Smith, M.A., Solis, M.A., Sullivan, J.B., Thiaucourt, P., Wahl, D.B., Weller, S.J., Whitfield, J.B., Willmott, K.R., Wood, D.M., Woodley, N.E., Wilson, J.J., 2009. Integration of DNA barcoding into an ongoing inventory of complex tropical biodiversity. Molecular Ecology Resources 9, 1-26.

Kocher, T.D., Thomas, W.K., Meyer, A., Edwards, S.V., Pääbo, S., Villablanca, F.X., Wilson, A.C., 1989. Dynamics of mitochondrial DNA evolution in animals: amplification and sequencing with conserved primers. Proceedings of the National Academy of Sciences 86, 6196-6200.

Krück, N.C., Tibbetts, I.R., Ward, R.D., Johnson, J.W., Loh, W.K.W., Ovenden, J.R., 2013. Multi-gene barcoding to discriminate sibling species within a morphologically difficult fish genus (Sillago). Fisheries Research 143, 39-46.

Moritz, C., Cicero, C., 2004. DNA Barcoding: Promise and Pitfalls. PLoS Biology 2, 1529-1531.

Page, T.J., Hughes, J.M., 2010. Comparing the performance of multiple mitochondrial genes in the analysis of Australian freshwater fishes. Journal of Fish Biology 77, 2093-2122.

Palumbi, A., Cipriano, F., 1998. Species identification using genetic tools: the value of nuclear and mitochondrial gene sequences in whale conservation. Journal of Heredity 89, 459-464.

Puckridge, M., Andreakis, N., Appleyard, S.A., Ward, R.D., 2013. Cryptic diversity in flathead fishes (Scorpaeniformes: Platycephalidae) across the Indo-West Pacific uncovered by DNA barcoding. Molecular Ecology Resources 13, 32-42.

Sevilla, R.G., Diez, A., NorÉN, M., Mouchel, O., JÉRÔMe, M., Verrez-Bagnis, V., Van Pelt, H., Favre-Krey, L., Krey, G., Consortium, T.F., Bautista, J.M., 2007. Primers and polymerase chain reaction conditions for DNA barcoding teleost fish based on the mitochondrial cytochrome b and nuclear rhodopsin genes. Molecular Ecology Notes 7, 730-734.

Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., Kumar, S., 2011. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Molecular Biology and Evolution 28, 2731-2739.

Valdez-Moreno, M., Ivanova, N.V., Elías-Gutiérrez, M., Contreras-Balderas, S., Hebert, P.D.N., 2009. Probing diversity in freshwater fishes from Mexico and Guatemala with DNA barcodes. Journal of Fish Biology 74, 377-402.

Vences, M., Thomas, M., van der Meijden, A., Chiari, Y., Vieites, D., 2005. Comparative performance of the 16S rRNA gene in DNA barcoding of amphibians. Frontiers in Zoology 2, 5.

Ward, R.D., 2009. DNA barcode divergence among species and genera of birds and fishes. Molecular Ecology Resources 9, 1077-1085.

Ward, R.D., Hanner, R., Hebert, P.D.N., 2009. The campaign to DNA barcode all fishes, FISH-BOL. Journal of Fish Biology 74, 329-356.

Ward, R.D., Zemlak, T.S., Innes, B.H., Last, P.R., Hebert, P.D.N., 2005. DNA barcoding Australia's fish species. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences 360, 1847-1857.