KHẢO SÁT ĐẶC ĐIỂM DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ LOÀI THUỘC CHI ARTOCARPUS

Trần Nhân Dũng * , Lương Thị Thu Thảo và Đỗ Tấn Khang

* Tác giả liên hệ (tndung@ctu.edu.vn)

Article Sidebar

Full Text: PDF

Ngày nhận bài: 20-04-2021
Ngày duyệt đăng: 03-06-2022
Ngày xuất bản: 01-05-2012
Title:
Lượt xem
99
Downloads
42
Trích dẫn
Dũng, T. N., Thảo, L. T. T., & Khang, Đ. T. (2012). KHẢO SÁT ĐẶC ĐIỂM DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ LOÀI THUỘC CHI ARTOCARPUS. Tạp chí Khoa học Đại học Cần Thơ, (24b), 37-45. Truy vấn từ https://ctujsvn.ctu.edu.vn/index.php/ctujsvn/article/view/1320
Số báo
Số. 24b (2012)
Chuyên mục
Công nghệ

Abstract

Six samples belonging to the Artocarpus genus were collected from some regions including Tien Giang, Can Tho and Ho Chi Minh. Firstly, the ploidy level of the samples was determined by Flow cytometry method. After extraction, DNA samples were used as the templates for PCR reactions which aimed at the ITS region and the matK gene using primers ITS1/ITS4 (White et al., 1990) and primers matK-VF/matK-VR (Tina, 2005). These isolated fragments were sequenced, and then analysed by PAUP 4.0 program with parsimony method to generate the relative phylotree of the samples. In addition, the leaf protein was also extracted to study the genetic difference using the SDS-PAGE method. The results showed that there were three ploidy level consisting of 2n, 3n and 4n. The results obtained from ploidy analysis and ITS region depicted that H.TG, H.SG and H.CT were Artocarpus camansi while K.CT1 and K.CT2 were Artocarpus altilis, and K.TG was the hybrid between Artocarpus altilis and Artocarpus mariannensis. However, the matK region and protein profile could not distinguish species including A. altilis, A. mariannensis and the hybrid between A. altilis and  A. mariannensis.
Keywords: ITS, matK, phylotree, SDS-PAGE

Tóm tắt

Sáu mẫu cây thuộc chi Artocarpus trong thí nghiệm được thu thập từ một số địa điểm khác nhau thuộc các tỉnh Tiền Giang, Cần Thơ, và TPHCM. Trước hết, mức độ đa bội thể của các mẫu được xác định thông qua phương pháp dòng chảy tế bào (Flow cytometry). Các mẫu DNA sau khi ly trích được dùng để thực hiện phản ứng PCR với các cặp mồi ITS1/ITS4 (White et al. 1990) và matK-VF/matK-VR (Tina, 2005) để khuếch đại vùng gene ITS và matK. Trình tự của hai gene này sau đó được phân tích bằng phần mềm PAUP 4.0 theo phương pháp parsimony, để dựng giản đồ phả hệ thể hiện mối tương quan của các cây được nghiên cứu. Protein lá của các mẫu  cây cũng được nghiên cứu bằng kỹ thuật điện di SDS-PAGE. Kết quả thu được cho thấy các cây có mức độ đa bội thể khác nhau (2n, 3n, 4n). Khảo sát mức đa bội thể và trình tự gene ITS cho kết quả: có thể các cây H.TG, H.SG và H.CT là Artocarpus camansi, K.CT1 và K.CT2 là Artocarpus altilis, K.TG là cây lai Artocarpus altilis x Artocarpus mariannensis. Tuy nhiên, trình tự đoạn matK và phổ điện di SDS-PAGE protein chưa thể dùng phân biệt các loài A. altilis, A. mariannensis và cây lai A. altilis x  A. mariannensis trong thí nghiệm này.
Từ khóa: Dòng chảy tế bào, giản đồ phả hệ, ITS, matK, SDS-PAGE

Article Details

Tài liệu tham khảo

Baldwin, B.G., M.J. Sanderson, J.M. Porter, M.F. Wojciechowski, C.S. Campbell, and M.J. Donoghue. 1995. The ITS region of nuclear ribosomal DNA-A valuable source of evidence on Angiosperm phylogeny. Ann. Mo. Bot. Gard. 82: 247–277.

Farris, J.S. 1970. Methods for computing Wagner trees. Syst. Zool, 19: 83–92.

Johnson, L.A. and D.E. Soltis. 1994. matK DNA sequences and phylogenetic reconstruction in Saxifragaceae. Systematic Botany 19:143–156.

Phạm Hoàng Hộ. 2000. Cây cỏ Việt Nam, quyển 2. Nhà xuất bản Trẻ.

Ragone, D. 2006. Traditional Trees of of Pacific Islands: Their culture environment and use. Edited by C.R. Elevitch. Permanent Agriculture Resources.

Rogers, S.O., and A.J.B. Bendich. 1988. Extraction of DNA from plant tissues. Plant molecular Biology Manual. Kluwer Academic Publishers. A6: 1-10.

Steele, K.P. and R. Vilgalys. 1994. Phylogenetic analysia of Polemoniaceae using nucleotide sequences of the plastid gene matK. Syst. Bot. 19:126-142.

Swofford, D.L. 2002. PAUP*: Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Sinauer Associates.

Tina, K. 2005. Molecular genetic analysis of the genere Carica L. and Vasconcellea Saint Hilaire (Caricaceae). Thesis submitted in fulfilment of the requirement for the degree of Doctor (Ph.D.) in Applied Biological Sciences.

White, T.J., T. Bruns, S. Lee and J.W. Taylor. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. Pp. 315-322 In: PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications, eds. Innis, M. A., D. H. Gelfand, J. J. Sninsky, and T. J. White. Academic Press, Inc.

Zerega, N.J.C., D. Ragone and T.J. Motley. 2004. Complex origins of breadfruit (Artocarpus altilis, Moraceae): Implications for human migrations in Oceania. American Journal of Botany 91(5):760-766.