PHÂN LẬP VÀ NHẬN DIỆN VI KHUẨN NỘI SINH TRONG CÂY CÚC XUYÊN CHI (WEDELIA TRILOBATA (L.) HITCHE.) BẰNG KỸ THUẬT PCR

Lương Thị Hồng Hiệp * và Cao Ngọc Điệp

* Tác giả liên hệLương Thị Hồng Hiệp

Article Sidebar

Full Text: PDF

Ngày nhận bài: 20-04-2021
Ngày duyệt đăng: 03-06-2022
Ngày xuất bản: 01-05-2011
Title:
Lượt xem
260
Downloads
183
Trích dẫn
Hiệp, L. T. H., & Điệp, C. N. (2011). PHÂN LẬP VÀ NHẬN DIỆN VI KHUẨN NỘI SINH TRONG CÂY CÚC XUYÊN CHI (WEDELIA TRILOBATA (L.) HITCHE.) BẰNG KỸ THUẬT PCR. Tạp chí Khoa học Đại học cần Thơ, (18a), 168-176. Truy vấn từ https://ctujsvn.ctu.edu.vn/index.php/ctujsvn/article/view/990
Số báo
Số. 18a (2011)
Chuyên mục
Công nghệ

Abstract

Wedelia trilobata (L.) Hitche. is classified in family Asteraceae which has been planted in parks or medical herbage. Thirty seven bacterial isolates were isolated from roots and stems of the 44 Wedelia trilobata samples taken in 9 provinces of the Mekong Delta. Twenty seven isolates were identified as endophytes by PCR-16s-rDNA technique. Four of twenty seven isolates (Fa2, Rh, rd1, Il) were chosen to sequence, DNA sequencing was compared with Genbeank database of NCBI by BLAST N software. The result showed that Fa2 isolate was similarity of 98% with EF528269.1 Bacillus megaterium CICCHLJ Q37; Rh isolate was a 99% similarity with EU081514.1 Bacillus lichenmiformis strain CMG M9, GU945225.1 Bacillus lichenformis strain B28, GU945226.1 Bacillus licheniformis strain W16; rd1 isolate was similartty of 99% with GQ375226.1 Bacillus subtilis subsp. subtilis strain CICC 10020, HQ283404.1 Bacillus amyloliquefaciens strain IPPBC_10A, HQ202724.1 Bacillus amyloliquefaciens strain LSSE-62, HQ286641.1 Bacillus subtilis Anctcri3, HQ286641.1  Bacillus subtilis Anctcri3 and Il isolate was 99% identity with DQ314740.1 Acinetobacter antiviralis KNF2022.
Keywords: PCR technique, sequence, the MekongDelta, Wedelia trilobata

Tóm tắt

Cúc Xuyên Chi (Wedelia trilobata (L.) Hitche.) thuộc họ Cúc, mọc hoang hay được trồng làm thảm thực vật đôi khi được sử dụng như một vị thuốcNam. Từ 44 mẫu rễ và thân cây Cúc Xuyên Chi thu ở các tỉnh An Giang, Đồng Tháp, Vĩnh Long, Bến Tre, Bạc Liêu, Hậu Giang, Sóc Trăng, Kiên Giang và thành phố Cần Thơ phân lập được 37 dòng vi khuẩn, 14 dòng được phân lập trên môi trường Nfb, 12 dòng được phân lập trên môi trường RMR và 11 dòng được phân lập trên môi trường LGI. Hai mươi bảy dòng vi khuẩn đã được xác định là vi khuẩn nội sinh bằng kỹ thuật PCR 16S-rDNA. Bốn dòng Fa2, Rh, rd1 và Il được lựa chọn giải trình tự đoạn 16s-rDNA. Kết quả cho thấy dòng Fa2 có tỉ lệ tương đồng với EF528269.1 Bacillus megaterium dòng CICCHLJ Q3 là 98%, dòng Rh có tỉ lệ tương đồng với EU081514.1 Bacillus lichenmiformis dòng CMG M9, GU945225.1 Bacillus lichenformis dòng B28, GU945226.1 Bacillus licheniformis dòng W16 là 99%, dòng rd1 có tỉ lệ tương đồng 99% với GQ375226.1 Bacillus subtilis subsp. subtilis dòng CICC 10020, HQ283404.1 Bacillus amyloliquefaciens dòng IPPBC_10A, HQ202724.1 Bacillus amyloliquefaciens dòng LSSE-62, HQ286641.1  Bacillus subtilis  Anctcri3 và dòng Il có tỉ lệ tương đồng 99% với DQ314740.1 Acinetobacter antiviralis dòng KNF2022.
Từ khóa: Cúc Xuyên Chi, Đồng bằng Sông Cửu Long, giải trình tự, PCR, vi khuẩn nội sinh

Article Details

Tài liệu tham khảo

Aravind, R., A. Kumar, S.J. Eapen and K.V. Ramana, 2009. Endophytic bacterial flora in root and stem tissues of black pepper (Piper nigrum L.) genotype: isolation, identification and evaluation against Phytophthora capsici. Letters in Applied Microbiology 48,58–64.

Bacon, C. W. and D. M. Hinton, 2002. Endophytic and Biological Control Potential of Bacillus mojavensis and Related Species. Biological Control 23,274–284.

Barbieri, P., T. Zanelli, E. Galli and G. Zanetti, 1986. Wheat inoculation with Azospirillum brazilance Sp6 and some mutants altered in nitrogen fixation and indole-3-acetic acid production. FEMS Microbiology Letters 36,87-90.

Cavalcante, V. A. and J. Dobereiner, 1988. A new acid-tolerant nitrogen-fixing bacterium associated with sugarcane. Plant Soil, 108,23-31.

Cao Ngoc Diep và Nguyen Ai Chi, 2009. Phân lập và đặc tính của vi khuẩn nội sinh trong cây Khóm trồng trên đất phèn huyện Bến Lức, tỉnh Long An, Vietnam. Tuyển tập công trình nghiên cứu của hội nghị Công nghệ sinh học năm 2009 tổ chức tại thành phố Hồ Chi Minh, 23-24, tháng 10 năm 2009, trang 69-73.

Cao Ngọc Điệp, 2010. Vi khuẩn nội sinh thực vật, Nhà xuất bản Đại học.

Fahey, J. W., M. B. Dimock, S. F. Tomasino, J. M. Taylor, and P. S. Carlson, 1991. Genetically engineered endophytes as biocontrol agents: a case study from industry. In Microbial ecology of leaves. Springer-Verlag, London, United Kingdom. pp. 401–411.

Fernando, E. V, M. Pava-Ripoll, F. Posada and J.S. Buyer, 2005. Endophytic bacteria in Coffea arabica L. J. Basic Microbiol. 45, 371–380.

Harari, A., J. Kigel and Y. Okon, 1988. Involvement of IAA in the interaction between Azospirillum brasilense and Panicum miliaceum roots. Plant and Soil 110, 275–282.

Kirkpatrick, B. and M. Wilhelm, 2007. Evaluation of grapevine endophytic bacteria for control of Pierce’s disease. University of California, pp. 203-207.

Krieg, N. R. and R. Döbereiner, 1984. Genus Azospirillum Tarrand Krieg and Dobereiner 1979, 79AL (effective publication: Tarrand, Krieg and Dijbereiner 1978, 978). In Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 1, 94-104.

Lăng Ngọc Dậu, Nguyễn Thị Xuân Mỵ và Cao Ngọc Điệp, 2007. Khả năng cố định đạm, hòa tan lân và sinh tổng hợp IAA của vi khuẩn Azospirillium lipoferum. Tuyển tập báo cáo Khoa học Hội nghị toàn Quốc 2007 Nghiên cứu cơ bản trong khoa học sự sống. Quy Nhơn 10-08-2007. NXB KH-KT. trang 445- 448.

Lee, Jung-Sook, K. C. Lee, K. K. Kim, I. C. Hwang, C. Jang, N. G. Kim, W. H. Yeo, B. S. Kim, Y. M. Yu and J. S. Ahn, 2009. Acinetobacter antiviralis sp. nov., from Tobacco Plant Roots. J. Microbiol. Biotechnol. 19(3), 250–256.

Neumann, B., A. Pospiech and H. U. Schairrer, 1992. Rapid isolation of genomic DNA from Gram-negative bacteria. Trends Genet. 8,332-333.

Nguyễn Thi Thu Hà, Hà Thanh Toàn và Cao Ngoc Điệp, 2009. Phân lập và đặc tính các dòng vi khuẩn nội sinh trong một số cây cỏ chăn nuôi. Tạp chí Công nghệ sinh học 7(2), 241-250.

Rosenblueth M. and E. Martínez-Romero, 2006. Bacterial endophytes and their interactions with hosts. Am. Phytopathol. Soc 19, 827-837.

Xu, H., M. Griffith, C. L. Patten and B. R. Glick, 1998. Isolation and characterization of an antifreeze protein with ice nucleation activity from the plant growth promoting rhizobacterium Pseudomonas putida GR12-2. Can. J. Microbiol. 44, 64–73.

Wang, S., T. Hu, Y. Jiao, J. Wei and K. Cao, 2009. Isolation and characterization of Bacillus subtilis EB-28, an endophytic bacterium strain displaying biocontrol activity against Botrytis cinerea Pers. Frontiers of Agriculture in China,3,247-252.

Wilhelm, E., W. Arthofer, R. Schafleitner and B. Krebs, 1998. Bacillus subtilis an endophyte of chestnut (Castanea sativa) as antagonist against chestnut blight (Cryphonectria parasitica). Plant Cell, Tissue and Organ Culture 52,105–108

Zinniel, D. K., P. Lambrecht, N. B. Harris, Z. Feng, D. Kuezmarski, P. Highley, C. Ishimaru, A. Arunakumari, G. R. Barletta and A. K. Vidaver, 2002. Isolation and characterization of endophytic colonizing bacteria from agronomic crops and prairie plants. Appl. Environ. Microbiol. 59, 2198-2208