Genetic diversity of Bagrid catfishes belonging to the Bagridae based on ISSR markers
,
and
*
Article Sidebar
Full Text: 
PDF
Abstract
In recent years, natural catfish resources have shown a declining trend due to overexploitation and water pollution. The reduction in population size may affect the genetic diversity of these species. This study aimed to assess the genetic diversity of catfish species using ISSR (Inter-Simple Sequence Repeat) molecular markers. A total of 30 catfish samples were used in the study, collected from three provinces: An Giang, Can Tho, and Tay Ninh. Of the 14 primers evaluated, 6 primers were selected for the amplification of polymorphic DNA fragments. These primers generated a total of 104 bands ranging in size from 105 bp to 1750 bp, with PIC values ranging from 0.26 to 0.57. The UPGMA cluster analysis revealed that the catfish samples exhibited relatively high genetic similarity coefficients, ranging from 70% to 94%.
Tóm tắt
Trong những năm gần đây, nguồn lợi cá chốt tự nhiên đang có xu hướng suy giảm do khai thác quá mức và ô nhiễm môi trường nước. Sự suy giảm quần thể có thể ảnh hưởng đến đa dạng di truyền của loài. Nghiên cứu này được thực hiện nhằm đánh giá mức độ đa dạng di truyền của các giống cá chốt bằng cách sử dụng dấu phân tử ISSR (Inter-simple sequence repeat). Tổng cộng có 30 mẫu cá chốt được sử dụng trong nghiên cứu, thu tại 3 tỉnh (An Giang, Cần Thơ và Tây Ninh). Trong số 14 mồi ISSR được đánh giá, 6 mồi được chọn để khuếch đại đa hình các đoạn DNA. Các mồi này cho kết quả tổng cộng 104 băng với kích thước từ 105 bp đến 1750 bp, hệ số PIC từ 0,26 đến 0,57. Kết quả phân tích sơ đồ phân nhóm dựa vào phương pháp UPGMA cho thấy các mẫu cá chốt có hệ số tương đồng khá cao từ 70% đến 94%.
Article Details
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
References
AlSaqufi, A. S., & Hassanien, H. A. (2020). Analysis of genetic diversity in Arabian carpet shark Chiloscyllium arabicum from the Saudi waters of the Arabian Gulf. Fresenius Environmental Bulletin, 29(12A), 11598–11605
Desjardins, P., & Conklin, D. (2010). NanoDrop microvolume quantitation of nucleic acids. Journal of Visualized Experiments, (45), e2565. https://doi.org/10.3791/2565
Định, T. Đ., Shibukawa, K., Phương, N. T., Hùng, H. P., Lợi, T. X., Hiếu, M. V., & Utsugi, K. (2013). Mô tả định loại cá Đồng bằng sông Cửu Long, Việt Nam Fishes of the Mekong Delta, Vietnam. Nhà xuất bản Đại học Cần Thơ.
Fricke, R., Eschmeyer, W. N., & Van, D. L. R. (2024). Eschmeyer's catalog of genera, species, references. http://researcharchive.calacademy.org/research/ichthyology/catalog/fishcat
Nguyen, H. D., Vu, M. T., & Do, H. D. K. (2023). The complete mitochondrial genome of Mystus gulio Hamilton (Siluriformes: Bagridae) and its phylogenetic implication. Mitochondrial DNA Part B, 8(3), 439–442. https://doi.org/10.1080/23802359.2023.2192311
Huang, L., Zhang, G., Zhang, Y., Li, X., Luo, Z., Liu, W., Luo, F., Liu, H., Yin, S., Jiang, J., Liang, X., & Cao, Q. (2023). Profiling Genetic Breeding Progress in Bagrid Catfishes. Fishes, 8(8), 426.
https://doi.org/10.3390/fishes8080426
Jaisuk, C., Nithirojpakdee, P., Kiriyakit, A., Suwannaket, K., Srisakda, P., & Sirirak, K. (2024). Genetic variation of long-whiskered catfish (Mystus gulio) population using microsatellite DNA for hatchery broodstock management. Recent Science and Technology, 17(1), 257917.
Kuang, T., Shuai, F., Li, X., Chen, W., & Lek, S. (2021). Genetic diversity and population structure of Hemibagrus guttatus (Bagridae, Siluriformes) in the larger subtropical Pearl River based on COI and Cyt b genes analysis. International Journal of Limnology, 57, 7. https://doi.org/10.1051/limn/2021005
Kumla S., Doolgindachbaporn S., Sudmoon R., & Sattayasai N. (2012). Genetic variation, population structure and identification of yellow catfish, Mystus nemurus (C&V) in Thailand using RAPD, ISSR and SCAR marker. Molecular Biology Report, 39, 501-510
Kundu, S., Kumar, V., Tyagi, K., & Chandra, K. (2019). Further specimens and phylogenetic position of the recently described catfish species Mystus prabini (Siluriformes: Bagridae). FishTaxa, 12, 140–144.
Lucena-Aguilar, G., Sánchez-López, A. M., Barberán-Aceituno, C., Carrillo-Ávila, J. A., López-Guerrero, J. A., & Aguilar-Quesada, R. (2016). DNA source selection for downstream applications based on DNA quality indicators analysis. BioMed Research International, 2016, 1–14. https://doi.org/10.1155/2016/7143634
Mai, N. L. T., & Yên, D. T. (2022). Genetic diversity of the migratory Mekong endemic catfish species Pangasius macronema populating along the Hau and Tien Rivers. VNUHCM Journal of Science and Technology Development, 25(1), 2314–2321.
Monpara, J., Chudasama, K., & Thaker, V. (2017). ISSR studies on small and large seed varieties of Glycine max. Journal of Pharmacognosy and Phytochemistry, 6(6), 1652–1656.
Ng, H. H., & Kottelat, M. (2013). Revision of the Asian bagrid catfishes. Ichthyological Exploration of Freshwaters, 24(2), 97–164.
Vitorino, C. A., Oliveira, R. C. C., Margarido, V. P., & Venere, P. C. (2015). Genetic diversity of Arapaima gigas (Schinz, 1822) (Osteoglossiformes: Arapaimidae) in the Araguaia-Tocantins basin estimated by ISSR marker. Neotropical Ichthyology, 13(3), 557–568.
https://doi.org/10.1590/1982-0224-20150037
Yeesin, P., Buasriyot, P., Ditcharoen, S., Chaiyasan, P., Suwannapoom, C., Juntaree, S., Jantarat, S., Talumphai, S., Cioffi, M. de B., Liehr, T., Tanomtong, A., & Supiwong, W. (2021). Comparative study of four Mystus species (Bagridae, Siluriformes) from Thailand: Insights into their karyotypic diversity. Comparative Cytogenetics, 15(2), 119–136. https://doi.org/10.3897/CompCytogen.v15.i2.60649
Yên, D. T., Định, T. Đ., & Trân, N. T. N. (2020). Đa dạng di truyền của cá rô biển (Pristolepis fasciata Bleeker, 1851) ở Đồng bằng sông Cửu Long. Tạp chí Khoa học Đại học Cần Thơ, 56 (CĐ Thủy sản), 200–206. https://doi.org/10.22144/ctu.jsi.2020.023
Wang, H., Duan, G., & Zhou, H. (2024). Genetic diversity of three consecutive selective breeding generations in Pseudobagrus vachellii (Actinopterygii: Siluriformes: Bagridae). Acta Ichthyologica et Piscatoria, 54, 13–20. https://doi.org/10.3897/aiep.54.105627
Peng, Y., Nafee-Ul, A., Liu, M., He, Q., & Liang, Z. (2023). Assessment of genetic diversity in Bupleurum spp. basing agronomic traits, medicinal components and ISSR markers. Genes, 14(4), 951. https://doi.org/10.3390/genes14040951