Lê Y Phụng * , Huỳnh Kỳ , Trần Văn Hâu , Nguyễn Lộc Hiền Văn QuốC Giang

* Tác giả liên hệ (phungm0115010@gstudent.ctu.edu.vn)

Abstract

In this study, fruit and leaf characteristics were used to examine the similarities and differences between 12 selected marian plum line/varieties selected from 44 surveyed gardens. Based on the results, ten random decamer primers out of the 15 tested were applied to assess the genetic diversity of 12 marian plum accessions. The leave phenotyping and genotyping results showed that 12 accessions were grouped into four major clusters. In total, 214 bands were amplified using 10 ISSR markers. Of 214 bands, 202 bands accounted for 95.29% were polymorphic. The PICAv values ranged from 0.26 to 0.37, and indicated an average level of polymorphism in the selected population. Based on the UPGMA analysis, 12 accessions were grouped into four main clusters with the ratio of coefficient similarity between 0.48 to 0.80 with the arithmetic mean of 0.65. Collectively, this report revealed that the 12 selected lines were valuable genetic resources for complementary conservation and breeding strategies of marian plum in the future.
Keywords: Bouea oppositifolia (Roxb.), ISSR, Marian Plum, UPGMA

Tóm tắt

Trong nghiên cứu này, các đặc điểm hình thái trái, lá được dùng để khảo sát sự giống và khác nhau giữa 12 mẫu Thanh Trà được chọn từ 44 vườn điều tra. Qua kết quả khảo sát, 15 dấu chỉ thị phân tử ISSR có 10 dấu chỉ thị phân tử ISSR cho kết quả nên 10 dấu này được dùng để khảo sát mối tương quan di truyền của các mẫu Thanh Trà. Dựa vào phân tích đặc điểm hình thái lá và kiểu gen, có thể chia các mẫu Thanh Trà thành 4 nhóm chính. Kết quả khảo sát bằng 10 dấu chỉ thị phân tử ISSR đã khuếch đại tổng số 214 băng trong đó có 202 băng đa hình đạt tỉ lệ 95,29%. Chỉ số PIC dao động từ 0,26 – 0,37 cho thấy mức độ đa hình trung bình của quần thể được sử dụng trong bài nghiên cứu này. Kết quả phân tích sơ đồ nhánh dựa vào phương pháp UPGMA đã chứng minh các mẫu Thanh Trà có sự đa dạng về kiểu gen rất cao và có hệ số tương đồng dao động từ 0,48 – 0,80 và trung bình là 0,65. Nghiên cứu này chỉ ra rằng có sự biến đổi về mặt di truyền đáng kể trong số các mẫu, mà hình thái học khó có thể phân biệt được.
Từ khóa: Bouea oppositifolia (Roxb.), ISSR, Thanh Trà, UPGMA

Article Details

Tài liệu tham khảo

Andrew, P., 2011. Maprang (Bouea macrophylla). www.rarefruitaustralia.org/site/wp-content/uploads/2011/09/Andrews-Maprang.pdf, access 14/10/2014.

Arohak, S., Gaikwad, A.B., Gautam, D., Rao, E., Swamy, M., Karihaloo, J.L., 2003. DNA fingerprinting of Indian cashew (Anacardium occidentale L.) varieties using RAPD and ISSR techniques. Euphytica, 130(3): 397-404.

Botstein, D., White, R.L., Skolnick, M., Davis, R., 1980. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human Genetic, 32(3): 314-331.

Cekic, C., Battey, N.H. Wilkinson, M.J., 2001. The potential of ISSR-PCR primer-pair combinations for genetic linkage analysis using the seasonal flowering locus in Fragaria as a model. Theor. Appl. Genet, 103(2): 540-546.

Chickarmane, V., Roeder, A.H.K., Tarr, P.T., Cunha, A., Tobin, C., 2010. Computational Morphodynamics: A Modeling Framework to Understand Plant Growth, 61: 65-87.

Damodaran, T., Ahmad, I., Nagarajan, B., 2013. Bouea oppositifolia - A fast disappearing native mango genetic resource from Andamans. Morphological and molecular evidences. Indian J. Hortic, 70: 161-164.

Damodaran, T., Kannan, R., Ahmed, I., Srivastava, R.C., Rai, R.B., Umamaheshwari, S., 2012. Assessing genetic relationships among mango (Mangifera indica L.) accessions of Andaman islands using inter simple sequence repeat markers. N. Z. J. Crop Hortic. Sci, 40: 229-240.

Doyle, J.J., Doyle, J.L., 1990. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, 12: 13-15.

Fortin, M.J., Dale, T., 2005. Spatial Analysis: A Guide for Ecologists. Cambridge, UK: Cambridge University Press, pp 392.

Gonzalez, A., Coulson, M., Brettell, R., 2002. Development of DNA markers (ISSRs) in mango. Acta Hortic, 575: 139-143.

IPGRI., 1999. Descriptors for Mango. International plant Genetic Resources Institute. Rome, Italy.

Kerdelhué, C., Roux, G., Forichon, J., Chambon, J., Robert, A., Lieutier, F., 2002. (Curculionidae: Scolytinae) on different pine species and validation of T. destruens (Woll.). Molecular Ecology, 11: 483-494.

Klingenberg, C.P., 2010. Evolution and development of shape: integrating quantitative approaches. Nat Rev Genet, 11: 623–635.

Milbourne, D., Meyer, R., Bradshaw, J.E., Baird, E., Provan, J., Powell, W., Waugh, R., 1997. Comparison of PCR-based marker systems for the analysis of genetic relationships in cultivated potato. Molecular Breeding, 3: 127-136.

Mohd, M.H., Lee, B.J., Cui, Y., Paik, J.K., 2015. Residual strength of corroded subsea pipelines subject to combined internal pressure and bending moment. Ships and offshore Structures, 10 (5): 554-564.

Mostafa, N., Ormal, H., Tan, S.G., Napis, S., 2011. Studies on the Genetic Variation of the Green Unicellular Alga Haematococcus pluvialis (Chlorophyceae) Obtained from Different Geographical Location Using ISSR and RADP Molecular Marker. Molecules, 16: 2598-2608.

Nguyễn Lộc Hiền, Tô Thị Nhựt, Huỳnh Kỳ và Huỳnh Thanh Tùng, 2013. Sự đa dạng di truyền của quần thể cây nghệ ở tỉnh Bình Dương, Tạp chí khoa học Đại học Cần thơ. 29: 44-51.

Nguyễn Thị Huỳnh Mai, 1998. Cây Thanh Trà (Bouea oppositifolia – Anacardiaceae) ở Đồng bằng sông Cửu Long. Luận văn Thạc sĩ khoa học chuyên ngành Sinh vật học và Môi trường. Trường đại học Cần Thơ. 78 trang.

Phạm Hoàng Hộ, 1991. Cây cỏ miền Nam. Tập 1, 2, 3, 4, 5, 6. NXB MêKong Ấn Quán. CA.

Phạm Hoàng Hộ, 2003. Cây cỏ Việt Nam, Q. II. In lần 2. Nxb. Trẻ, Thành phố Hồ Chí Minh. 368 trang.

Poolperm, N., 1993. Maprang Cultivation. Jareanrut Publ. Bangkok, 117 pp.

Powell, W., Morgante, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, J., Tingey, S.V., Rafalski, A., 1996. The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Molecular Breeding, 2: 225-238.

Prevost, A., Wilkinson, M.J., 1999. A new system of comparing PCR primers applied to ISSR fingerprinting of potato cultivars. Theoretical and Applied Genetics, 98: 107-112.

Rocha, A., Salomao, L.C.C., Salomao, T.M.F., Cruz, C.D., Siqueira, D.L., 2012. Genetic Diversity of ‘Uba” Mango Tree Using ISSR Markers. Mol. Biotechnol, 50:108-113.

Roth, A., Mosbrugger, D., Kerp, H., 2001. Evolution and Function of Leaf Venation Architecture, 87: 553-566.

Shahsavar, A.R., Izadpanah, K., Tafazoli, E., Sayed, B.E., 2007. Characterization of citrus germplasm including unknown variants by inter-simple sequence repeat (ISSR) markers. Scientia Horticulturae, 112: 310-314.

Sneath, P.H.A., Sokal, R.R., 1973. Numerical Taxonomy. Freeman. San Francisco, pp. 573.

Subhadrabandhu, S., 2001. Ma-Prang (Bouea macrophylla). In Under-utilized tropical fruits of Thailand. Regional Office for Asia and the Pacific (RAP) Publication: 2001/26. Food and Agriculture Organization (FAO), Rome. pp 6-8.

Thimmappaiah, S., Shobha, W.G., Melwyn, G.S., 2009. Assessment of genetic diversity in cashew germplasm using RAPD and ISSR markers. Sci. Hortic, 120: 411-417.

Trần Nhân Dũng và Trần Thị Lệ Quyên, 2012. Đa dạng di truyền các giống/dòng măng cụt (garcinia mangostana L.) dựa trên dấu phân tử ISSR ở Bình Dương. Tạp chí Khoa học Đại Học Cần Thơ, 23: 253-261.

Tsukaya, H., 1995. Developmental genetics of leaf morphogenesis in dicotyledonous plants. J Plant Res, 108: 407-416.

Verheij, E.W.M., coronel, R.E., 1992. Plant resources South East Asia No.2 Edible fruits and nuts. Prosea Foundation. Bogor. Indonesia, pp. 186-190.

Vũ Văn Hiếu, Nông Thị Huệ, 2015. Phân tích đa dạng di truyền của các mẫu giống cam sành tại Hà Giang bằng chỉ thị RAPD và ISSR, Tạp chí Khoa học và Phát triển Hà Giang 2015. 6: 867-875.

Zietkiewicz, E., Rafalski, A., Labuda, D., 1994. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification. Genomics, 20: 176-183.