Đa dạng dấu phân tử indel của các dòng lúa thơm ở Đồng bằng sông Cửu Long

Lâm Thùy Giang * , Phạm Quang Nghĩa và Đỗ Tấn Khang

* Tác giả liên hệLâm Thùy Giang

Article Sidebar

Full Text: PDF

Ngày nhận bài: 12-11-2014
Ngày duyệt đăng: 09-06-2015
Ngày xuất bản: 26-06-2015
Title: Diversity of Indel markers in fragrant rice varieties in Mekong Delta
Lượt xem
35
Downloads
23
Trích dẫn
Giang, L. T., Nghĩa, P. Q., & Khang, Đ. T. (2015). Đa dạng dấu phân tử indel của các dòng lúa thơm ở Đồng bằng sông Cửu Long. Tạp chí Khoa học Đại học cần Thơ, (38), 23-29. Truy vấn từ https://ctujsvn.ctu.edu.vn/index.php/ctujsvn/article/view/1962
Số báo
Số. 38 (2015)
Chuyên mục
Công nghệ sinh học

Abstract

Ten InDel primers were applied in evaluating genetic diversity on six aromatic rice lines including Jasmine, Ngoc Dong, Tai Nguyen, Nang Thom, Huong Lai Sua and Huong Bien. The results showed that there were eight primers generating polymorphic profile of Indel markers (primer R6M14 and R8M33 did not show the level of polymorphism between the aromatic rice samples). Total 25 bands were recorded, of which 17 polymorphic bands (68%) and 8 single bands (32%). Two primers R7M7 and R10M10 were the most polymorphic (4 bands). In this experiment, the average number of band produced per primer was 2.5. Amplified bands was ranged in size from 20 to 500bp. Based on the Jaccard similarity coefficients in analyzing InDel profil, Nang Thom sample had the highest genetic different relatively compared with the remaining samples (48% compared with Ngoc Dong, 44% compared to Thom Bien, 28% compared with Huong Lai Sua). Besides, Thom Bien sample also showed genetic differences significantly compared with the others (36% compared with Jasmine, Tai nguyen and Ngoc Dong). The results showed the applicability of the InDel markers in the analysis loci related to the characteristics of rice quality in rice breeding.
Keywords: Fragrant rice, genetic, InDel primer, polymorphism, similarity

Tóm tắt

Mười primer InDel được khảo sát trên 6 giống lúa thơm gồm Jasmine, Ngọc Đồng, Tài Nguyên, Nàng Thơm, Hương lài sữa và Hương Biển. Kết quả ghi nhận có 8 primer cho kết quả đa hình (primer R6M14 và R8M33 không thể hiện được mức độ đa hình giữa các mẫu lúa thơm). Tổng cộng ghi nhận được 25 băng được khuếch đại, trong đó có 17 băng đa hình (68%) và 8 băng đơn hình (32%). Hai primer R7M7 và R10M10 khuếch đại được nhiều băng đa hình nhất (4 băng). Trong thí nghiệm này, số băng trung bình mỗi primer khuếch đại được trên mỗi mẫu lúa là 2,5. Các băng khuếch đại có sự khác biệt về kích thước trong khoảng 20-500 bp. Dựa trên hệ số tương đồng Jaccard khi phân tích InDel profile, mẫu lúa Nàng Thơm có sự khác biệt di truyền tương đối lớn so với các mẫu còn lại (48% so với mẫu Lúa thơm Ngọc Đồng, 44% so với Hương Biển, 28% so với Hương lài sữa). Bên cạnh đó, mẫu Hương Biển cũng cho thấy sự khác biệt về di truyền đáng kể so với các mẫu còn lại (36% khi so với Jasmine, Tài Nguyên và Lúa thơm Ngọc Đồng). Kết quả này cho thấy khả năng ứng dụng của các dấu phân tử InDel trong việc phân tích các loci liên quan đến các đặc tính phẩm chất của lúa phục vụ cho công tác lai tạo.
Từ khóa: Di truyền, đa hình, lúa thơm, mồi Indel, tương đồng

Article Details

Tài liệu tham khảo

Báo điện tử Chính phủ. 2014. Xuất khẩu gạo: Ấn tượng gạo thơm. http://baodientu.chinhphu.vn/Kinh-te/Xuat-khau-gao-An-tuong-gao-thom/205558.vgp, xem ngày 12/10/2014.

Ginny, C.S. 1999. DNA Extraction. In Analytical Molecular Biology: Quality and Validation, ed. C.S. Ginny, C.P. Helen. Royal Society of Chemistry, pp.41.

Rogers, S.O., and A.I.J. Bendich. 1988. Extraction of DNA from plant tissues. Plant molecular Biology Manual. Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, printed in Belgium, A:1-10.

Shen, Y.J., H. Jiang, J.P. Jin, Z.B. Zhang, B. Xi, Y.Y. He, G. Wang, C. Wang, L.L. Qian, X. Li, Q.B. Yu, H.J. Liu, D.H. Chen, J.H. Gao, H.Hiang, T.L. Shi and Z.N Yang. 2004. Development of genome-wide DNA polymorphism database for map-based cloning of rice genes. Plant Physiol., 135: 1198-1205.

Steele, K.A., R. Ogden, R. McEwing, H. Briggs and J. Gorham. 2008. InDel markers distinguish Basmatis from other fragrant rice varieties. Field Crops Research. 105: 81-87.

Vasemägi, A., R. Gross, D. Palm, T. Paaver and C.R. Primmer. 2010. Discovery and application of insertion-deletion (INDEL) polymorphisms for QTL mapping of early life-history traits in Atlantic salmon. BMC Genomics 11:156-166.

Wu, D.H., H.P Wu, C.S. Wang, H.Y. Tseng and K.K. Hwu. 2013. Genome-wide InDel marker system for application in rice breeding and mapping studies. Euphytica, 192: 131-143.