ĐặC ĐIểM GEN CủA VI RúT GÂY BệNH ĐốM TRắNG (WHITE SPOT SYNDROME VIRUS) PHÂN LậP Từ Hệ THốNG NUÔI TÔM Sú QUảNG CANH CảI TIếN

Trần Thị Tuyết Hoa * , Mai Nam Hưng và Đặng Thị Hoàng Oanh

* Tác giả liên hệ (ttthoa@ctu.edu.vn)

Article Sidebar

Full Text: PDF

Ngày nhận bài: 20-04-2021
Ngày duyệt đăng: 03-06-2022
Ngày xuất bản: 01-05-2012
Title:
Lượt xem
167
Downloads
93
Trích dẫn
Hoa, T. T. T., Hưng, M. N., & Oanh, Đ. T. H. (2012). ĐặC ĐIểM GEN CủA VI RúT GÂY BệNH ĐốM TRắNG (WHITE SPOT SYNDROME VIRUS) PHÂN LậP Từ Hệ THốNG NUÔI TÔM Sú QUảNG CANH CảI TIếN. Tạp chí Khoa học Đại học Cần Thơ, (22c), 129-135. Truy vấn từ https://ctujsvn.ctu.edu.vn/index.php/ctujsvn/article/view/1275
Số báo
Số. 22c (2012)
Chuyên mục
Công nghệ

Abstract

Investigating the genetic variability among natural WSSV populations is a novel approach to understand the epidemiologic characteristics of this virus. We characterized the number of repeat units (RUs) located in the variable number of tandem repeat regions (VNTRs) of ORF75, ORF94 and ORF125 (WSSV-TH strain; van Hulten et al., 2001) from 326 WSSV-DNA samples collected from 29 improved-extensive shrimp ponds. The results showed that: (i) there are 16 genotypes determined in ORF94, ranging from 3 to 18 repeat units (RUs). In which, the 10RUs (20,6%) and 11RUs (19,8%) were the most common genotypes; (ii) In ORF125, there are 14 genotypes, ranging from 3 to 17RUs. The most common genotype was 7RUs (24,9%); (iii) the compound repeat region of ORF75 displayed 10 different patterns of repeat. The pattern with 500bp was the most prevalence (51%). In the study, the obtained results suggest that different WSSV genotypes exist in the improved-extensive shrimp farming system. Tandem repeat sequence in ORF94, followed by ORF125 and ORF75 could be used to discriminate WSSV isolates in improved extensive systems.
Keywords: molecular marker, ORF75, ORF94, ORF125

Tóm tắt

Khảo sát sự đa dạng về đặc điểm gen của vi rút gây bệnh đốm trắng (WSSV) ngoài tự nhiên là một trong những phương pháp tiếp cận giúp hiểu rõ hơn về các đặc điểm dịch tể học của loài vi rút này. Nghiên cứu phân tích số lượng của các đơn vị lặp lại (RU) nằm trên các vùng lặp lại liền kề khác nhau (VNTR) của ORF75, ORF94 và ORF125 (WSSV-TH strain; van Hulten et al., 2001) từ 326 mẫu WSSV-DNA thu từ 29 ao tôm quảng canh cải tiến. Kết quả cho thấy: (i) ORF94 xác định được 16 nhóm kiểu gen WSSV, từ 3VLL đến 18VLL. Trong đó, kiểu gen có 10 VLL (20,6%) và 11 VLL (19,8%) là những kiểu gen phổ biến nhất. (ii) ở ORF125, hiện diện 14 nhóm kiểu gen WSSV, từ 3 VLL đến 17 VLL. Trong đó, 7 VLL là kiểu gen chiếm ưu thế (24,9%); (iii) ở ORF75, vùng lặp lại kép này có 10 kiếu gen được ghi nhận, trong đó 500bp là sản phẩm khuếch đại được phát hiện nhiều nhất (51%). Trong nghiên cứu này, kết quả cho thấy sự tồn tại của nhiều kiểu gen WSSV khác nhau trong mô hình nuôi tôm sú quảng canh cải tiến. Vùng lặp lại liền kề ở ORF94, kế đó là ORF125 và ORF75 có thể được sử dụng để phân biệt các dòng WSSV phân lập từ mô hình quảng canh cải tiến. 
Từ khóa: vi-rút gây bệnh đốm trắng, chỉ thị phân tử, ORF75, ORF94, ORF125

Article Details

Tài liệu tham khảo

TÀI LIỆU THAM KHẢO

Dieu BTM, Marks H, Siebenga J, Goldbach R, Zuidema D, Duong TP, Vlak JM (2004) Molecular epidemiology of white spot syndrome virus within Vietnam. J. Gen. Virol. 85: 3607–3618.

Hoa TTT, Hodgson RA, Oanh DT, Phuong NT, Preston NJ, Walker PJ (2005) Genotypic variations in tandem repeat DNA segments between ribonucleotide reductase subunit genes of white spot syndrome virus (WSSV) isolates from Vietnam. In: Diseases in Asian aquaculture V. Fish Health Sect, Asian Fish Soc, Manila, p. 339–351.

John KR, George MR, Iyappan T, Thangarani AJ, Jeyaseelan MJP (2010) Indian isolates of white spot syndrome virus exhibit variations in their pathogenicity and genomic tandem repeats. J. Fish Dis. 33: 749-758.

Lightner DV (1996) A handbook of shrimp pathology and diagnostic procedures for diseases of cultured penaeid shrimp. World Aquatic Society, Baton Rouge, LA.

Marks H, Goldbach RW, Vlak JM, van Hulten MCW (2004) Genetic variation among isolates of white spot syndrome virus. Arch. Virol. 149: 673–697.

Marks H, van Duijse JJA, Zuidema D, van Hulten MCW, Vlak JM (2005) Fitness and virulence of an ancestral white spot syndrome virus isolate from shrimp. Virus Res. 110: 9–20.

Muller IC, Andrade TP, Tang-Nelson KF, Marques MR, Lightner DV (2010) Genotyping of white spot syndrome virus (WSSV) geographical isolates from Brazil and comparison to other isolates from the Americas. Dis. Aquat. Org. 88: 91–98.

Musthaq SS, Sudhakaran R, Ahmed IVP, Balasubramanian G, Hameed SAS (2006) Variability in the tandem repetitive DNA sequence of white spot syndrome virus (WSSV) genome and stability of VP28 gene to detect different isolates of WSSV from India. Aquaculture 256: 34–41.

OIE (2009) International Aquatic Animal Health Code. 12th edition. OIE, Paris.

Pradeep B, Shekar M, Gudkovs N, Karunasagar I, Karunasagar I (2008a) Genotyping of white spot syndrome virus prevalent in shrimp farms of India. Dis. Aquat. Org. 78: 189–198.

Tan Y, Shi Z (2011) Genotyping of white spot syndrome virus in Chinese cultured shrimp during 1998-1999. Virol. Sin. 26: 123–130.

Trần Thị Tuyết Hoa, Đào Bá Cường, Nguyễn Thanh Phương. 2011. Đặc điểm gen của vi-rút gây bệnh đốm trắng (white spot syndrome virus - WSSV) phân lập từ hệ thống nuôi tôm sú (Penaeus monodon) bán thâm canh. Kỷ yếu hội nghị khoa học thủy sản lần 4. trang 212 – 220.

van Hulten MCW, Witteveldt J, Peters S, Kloosterboer N, Tarchini R, Fiers M, Sandbrink H, Lankhorst RK, Vlak JM (2001a) The white spot syndrome virus DNA genome sequence. Virology 286: 7–22.

Wongteerasupaya C, Pungchai P, Withyachumnarnkul B, Boonsaeng V, Panyim S, Flegel TW, Walker PJ (2003) High variation in repetitive DNA fragment length for white spot syndrome virus (WSSV) isolates in Thailand. Dis. Aquat. Org. 54: 253–257.

Zwart MP, Dieu BTM, Hemerik L, Vlak JM (2010a) Evolutionary trajectory of white spot syndrome virus (WSSV) genome shrinkage during spread in Asia. PLoS ONE 5(10): e13400.