Lâm Thị Việt Hà * , Koen Dewettinck , Kathy Messens , Nguyễn Thị Pha , Hà Thanh Toàn , Nguyễn Thị Liên Trần Văn Bé Năm

* Tác giả liên hệ (ltvha@ctu.edu.vn)

Abstract

This work focused on clarifying the genetic diversity of fourteen cocoa clones in Vietnam. Primers plant c and plant d were used to analyse the genetic relationship. All detected band were encoded into binary matrix and the dendrogram was generated using the program NTSYS-PC 2.1 The similarity matrix was subjected to cluster analysis by unweighted pair group method for arithmetic mean (UPGMA). The genetic clustering of 14 Cocoa varieties showed genetic differences ranged from 0 to 41%. At around 59% similarity, fourteen TD clones could be divided into three groups: A, B, and C. Group A had ten clones (TD1, TD2, TD3, TD5, TD6, TD7, TD8, TD9, TD11, TD12), group B had 2 clones (TD10 and TD13), and group C included two clones (TD14 and TD15). Group B with 80% homologous had a relationship closer than groups A and C. Two clones in group A correlated approximately 76.4% similarity and group C showed 73% similarity rate.
Keywords: Genetic clustering, Theobroma cacao L., plant c/d sequences

Tóm tắt

Đề tài xác định mối quan hệ di truyền mười bốn dòng Cacao (Theobroma cacao L.) nổi trội được tuyển chọn và đang trồng phổ biến tại Việt Nam. Phân tích di truyền dựa trên 2 đoạn mồi chuyên biệt cho Cacao Plant c và Plant d. Các băng thu được mã hóa bằng hệ nhị phân để phân nhóm di truyền sử dụng phần mềm NTSYS2.1 phân nhóm theo phương pháp UPGMA. Kết quả nghiên cứu nêu rõ sự khác biệt di truyền của 14 dòng Cacao dao động trong khoảng 0- 41%. Các băng xuất hiện nhiều ở vị trí từ 500 bp – 600 bp. Ở khoảng tương đồng 59% 14 dòng Cacao được chia làm 3 nhóm chính: A, B, C. Nhóm A có 10 dòng (TD1, TD2, TD3, TD5, TD6, TD7, TD8, TD9, TD11, TD12), nhóm B có 2 dòng (TD10 và TD13), nhóm C có 2 dòng (TD14 và TD15). Trong đó, hai dòng nhóm B với khoảng tương đồng là 80% có mối quan hệ gần hơn so với nhóm A và C, các dòng trong nhóm A có quan hệ tương đồng ở mức 76.4%,  các dòng trong nhóm C có quan hệ tương đồng khoảng 73%.
Từ khóa: Đa dạng di truyền, Theobroma cacao L., trình tự plant c/d

Article Details

Tài liệu tham khảo

Clegg, M. T., Learn, G. H., & Golenberg, E. M. 1991. Molecular evolution of chloroplast DNA. Evolution at the molecular level/edited by Robert K. Selander, Andrew G. Clark, and Thomas S. Whittman.

Chen, T., Ng, C., Wang, C., & Shyu, Y. 2007. Molecular identification and analysis of Psidium guajava L. from indigenous tribes of Taiwan. Journal of Food and Drug Analysis, 15(1), 82.

Geleta, M., Bekele, E., Dagne, K., & Bryngelsson, T. 2010. Phylogenetics and taxonomic delimitation of the genus Guizotia (Asteraceae) based on sequences derived from various chloroplast DNA regions. Plant systematics and evolution, 289(1-2), 77-89.

Lachenaud, P., Paulin, D., Ducamp, M., & Thevenin, J. M. (2007). Twenty years of agronomic evaluation of wild cocoa trees (Theobroma cacao L.) from French Guiana. Scientia horticulturae, 113(4), 313-321.

Lannér, C. (1998). Relationships of wild Brassica species with chromosome number 2 n= 18, based on comparison of the DNA sequence of the chloroplast intergenic region between trnL (UAA) and trnF (GAA). Canadian journal of botany, 76(2), 228-237.

Lam Thi Viet Ha, Lore Vanlerberghe, Ha Thanh Toan, Koen Dewettinck and Kathy Messens. 2015. Comparative Evaluation of Six Extraction Methods for DNA Quantification and PCR Detection in Cocoa and Cocoa-Derived Products. Food Biotechnology, 29,1–19.

Lâm Thị Việt Hà, Phùng Thị Hằng, Trần Nhân Dũng, Hà Thanh Toàn, Koen Dewettinck và Kathy Messens. 2015. Đặc điểm hình thái giải phẫu mô các giống Cacao chủ lực miền Nam Việt Nam. Tạp chí Khoa học ĐHCT, 36(A), 47-56.

Nguyễn Bảo Vệ, Trần Văn Hâu và Lê Thanh Phong, 2011. Giáo trình cây công nghiệp dài ngày, NXB Đại học Cần Thơ. 9.

Petit, R. J., Demesure, B., & Dumolin, S. 1998. cpDNA and mtDNA primers in plants. In Molecular tools for screening biodiversity. Springer Netherlands, pp. 256-261.

Phạm Hồng Đức Phước. 2009. Kỹ Thuật Trồng Cacao ở Việt Nam. NXB Nông Nghiệp. 1-46.

Shri. Mohan Jain and P.M. Priyadarshan. 2009. Breeding Plantation Tree Crops. Springer, New York, USA. 589-591.

Smulders, M. J. M., Esselink, D., Amores, F., Ramos, G., Sukha, D. A., Butler, D. R., & van Loo, E. N. 2008. Identification of cocoa (Theobroma cacao L.) varieties with different quality attributes and parentage analysis of their beans. IGENIC Newsletters, 12, 1-13.

Taberlet, P., Gielly, L., Pautou, G. & Bouvet J. 1991. Universal primers for amplification of three non-coding regions of chloroplast DNA. Plant Molecular Biology, 17, 1105-1109.

Trần Nhân Dũng. 2011. Thực tập Kỹ thuật Sinh học phân tử. NXB ĐH Cần Thơ.pp. 4-9.

Trần Văn Hâu và Hồ Thị Ngân. 2011. Kết quả bước đầu về bình tuyển cây ca cao (Theobroma cacao L.) đầu dòng tại Cần Thơ. Tạp chí NN&PTNT chuyên đề giống cây trồng, vật nuôi, tập 1, tháng 6/2011: 120-127.

Wood, G. A. R., & Lass, R. A. 2008. Cocoa. John Wiley & Sons, London, UK.