Võ Văn Song Toàn * , Đỗ Thị Cẩm Hường , Hồ Quảng Đồ Trần Nhân Dũng

* Tác giả liên hệ (vvstoan@ctu.edu.vn)

Abstract

To select and identify the ruminal bacteria that are able to degrade sugarcane bagasse powder in in vitro condition, sixty-two strains of bacteria isolated from cattle rumen fluid were used to describe characteristics of a colony appearance, a morphologic cell as well as selection of bacteria for degradation of sugarcane bagasse based on activity of endoglucanase and exoglucanase. As a result, three strains of bacteria including of the strain BM49 with high endoglucanase activity and two bacterial strains BM13 and BM21 with both of high endoglucanase and exoglucanase activity were mixed in the ratio 1:1:1. Beside, the result recorded that  a suspension of 6% (v/v) of three bacteria strains (BM13, BM21 and BM49) with 107 CFU/mL was incubated with sugarcane bagasse substrate in in vitro condition for 3 days at 38oC, the yields of sugarcane bagasse degradation were high. The digestion rates of neutral detergent fiber (NDF) and crude fiber (CF) were 45.1% (w/w) and 42.6% (w/w), respectively. Nucleotides sequences of 16S rRNA gene from three strains of bacteria including of BM13, BM21, BM49 were tested by method of maximum likelihood tree after amplifying by a pair of primers 8F and 1492R and sequenced by automated sequencing machines ABI3130. The analysis results highlighted that three strains of bacteria BM13, BM21, BM49 were similar to Achromobacter xylosoxidans BL6, Bacillus subtilis S2O, Uncultured Bacillus sp. Filt.171 with the max identity of 91%, 94% and 94%, respectively.
Keywords: A xylosoxidans, B. subtilis, sugarcane baggase degradation, cattle rumen, in vitro

Tóm tắt

Nhằm tuyển chọn và định danh vi khuẩn dạ cỏ bò có khả năng phân giải bột bã mía ở điều kiện in vitro, 62 chủng vi khuẩn phân lập từ dạ cỏ bò đã được mô tả đặc điểm khuẩn lạc và tế bào đồng thời được sử dụng tuyển chọn vi khuẩn để phân giải bột bã mía dựa vào hoạt tính endoglucanase và exoglucanase. Kết quả đã tuyển chọn được tổ hợp ba chủng vi khuẩn dạ cỏ gồm chủng vi khuẩn BM49 có hoạt tính endoglucanase mạnh và hai chủng vi khuẩn BM13, BM21 có cả hoạt tính exoglucanase và endoglucanase mạnh phối hợp với nhau theo tỷ lệ 1:1:1. Việc bổ sung 6% (v/v) dịch 3 vi khuẩn này với mật số 107 tế bào/mL, ủ 3 ngày ở 38oC trong điều kiện in vitro cho thấy hiệu quả phân giải bột bã mía cao với tỷ lệ tiêu hóa xơ trung tính và xơ thô lần lượt là 45,1 và 42,6% (w/w). Trình tự vùng gen 16S rDNA của 3 chủng vi khuẩn BM13, BM21, BM49 được phân tích phả hệ theo phương pháp maximum likelihood tree sau khi được khuếch đại với cặp mồi 8F và 1492R bằng kỹ thuật PCR và giải trình tự bằng máy giải trình tự tự động ABI3130 cho kết quả lần lượt tương đồng với các chủng vi khuẩn Achromobacter xylosoxidans BL6, Bacillus subtilis S2O, Uncultured Bacillus sp. Filt.171 ở mức 91% , 94% và 94%.
Từ khóa: Achromobacter xylosoxidans, Bacillus subtilis, phân giải bã mía, dạ cỏ gia súc, in vitro

Article Details

Tài liệu tham khảo

Brenner, Don J., P. De Vos, G. M. Garrity, M. Goodfellow, N.R. Krieg, F.A. Rainey and Karl-Heinz Schleifer, 2005b. Bergey’s manual of systematic bacteriology. 2nd edition. volumn 2. Springer. USA. 1136 pp

Brock, T.D., 1961. Milestones in Microbiology. Hall International, Inc., Englewood Cliffs, New Jersey, 275 pages.

Bryant, M.P., Burkey, L.A., 1953. Cultural methods and some characteristics of some of the more numerous groups of bacteria in the bovine rumen. Journal of Dairy Science. 36: 205-217.

Bueno, I.C.S., Cabral Filho, S.L.S., Gobbo, S.P., Louvandini, H., Vitti, D.M.S.S. and Abdalla, A.L., 2005. Influence of inoculum source in a gas production method. Animal feed science and technology. 123-124: 95-105.

Cao Ngọc Điệp và Nguyễn Hữu Hiệp, 2008. Bài giảng thực hành vi sinh vật đại cương. Nhà xuất bản Trường Đại học Cần Thơ. Cần Thơ, 54 trang.

Đào Lệ Hằng, 2008. Phương pháp chủ động thức ăn xanh ngoài cỏ cho gia súc. Nhà xuất bản Hà Nội. Hà Nội, 203 trang.

Gaggìa, F., Mattarelli, P. and Biavati, B., 2010. Probiotics and prebiotics in animal feeding for safe food production. International Journal of Food Microbiology. 141: S15-S28.

Gall, L.S. and Huhtanen, C.N., 1951. Rumen Organisms. Journal of Dairy Science. 34: 353-362.

Hồ Sĩ Tráng, 2006. Cơ sở hóa học gỗ và cellulose tập 1. Nhà xuất bản Khoa học và Kỹ thuật. Hà Nội, 584 trang.

Horwitz, W., 2000. The scientific association Dedicated to analytical Excellence: Official methods of analysis. AOAC International, Washington D.C., USA. 255-275.

Ilindra, A. and Dhake, J.D., 2008. Microcrystalline cellulose from bagasse and rice straw. Indian Journal of Chemical Technology. 15: 497-499.

Kamra, D.N., 2005. Rumen microbial ecosystem. Current science. 89(1): 124-135.

Loa, Y. C, G. D. Saratalea, W. M. Chenb, M. D. Baic, J. S. Changa. 2009. Isolation of cellulose-hydrolytic bacteria and applications of the cellulolytic enzymes for cellulosic biohydrogen production. Enzyme and Microbial Technology, 417- 425.

Lương Đức Phẩm, 1998. Công nghệ vi sinh vật. Nhà xuất bản Nông nghiệp. Hà Nội, 358 trang.

Lynd, L.R, Weimer, P.J., van Zyl, W.H. and Pretorius, I.S., 2002. Microbial Cellulose Utilization: Fundamentals and Biotechnlogy. Microbiology and Molecular Biology Reviews. 66(3): 506-577.

Microbial, O.C., 1999. Formation of organic acids by strain of Bacillus mesentericus and Bacillus subtilis isolated from the rumen of cattle. Mikrobiology. 39: 31-33.

Nakano, M.M. and Zuber, P., 1998. Anaerobic growth of a ‘‘strict aerobe’’ Bacillus subtilis. Annual Review Microbiology. 52: 165-190.

Nelson, N. 1944. A photometric adaptation of the Somogyi method for the determination of glucose. The Journal of Biological Chememistry. 153: 375-380.

Nguyễn Đức Lượng, 2004. Công nghệ enzyme. Nhà xuất bản Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh. Thành phố Hồ Chí Minh, 534 trang.

Nguyễn Lân Dũng, Nguyễn Đình Quyến và Phạm Văn Ty, 1997. Vi sinh vật học. Tái bản lần thứ tư. Nhà xuất bản Giáo dục. Hà Nội, 408 trang.

Nguyễn Phú Cường, 2011. Phân lập và tuyển chọn các chủng vi khuẩn phân giải cellulose từ hệ tiêu hóa của con mối. Đề tài nghiên cứu khoa học sinh viên cấp Trường 2010. Đại học Cần Thơ. Cần Thơ.

Nguyễn Thị Thanh Trúc. 2011. Tuyển chọn và khảo sát điều kiện nuôi cấy các dòng vi khuẩn hiếu khí có khả năng thủy phân bã mía. Luận văn tốt nghiệp Đại học ngành Công nghệ Sinh học. Đại học Cần Thơ. Cần Thơ.

Nguyễn Văn Chắc, 2009. Phân lập một số chủng vi khuẩn có khả năng phân giải cellulose trong bột bã mía đang phân giải. Luận văn tốt nghiệp Đại học ngành Công nghệ Sinh học. Đại học Cần Thơ. Cần Thơ.

Oyeleke, S.B. and Okusanmi, T.A., 2008. Isolation and characterization of cellulose hydrolysing microorganism from the rumen of ruminants. Academic Journals. 7(10): 1503-1504.

Perez, A.R., Abanes-De Mello, A. and Pogliano, K., 2000. SpoIIB Localizes to Active Sites of Septal Biogenesis and Spatially Regulates Septal Thinning during Engulfment in Bacillus subtilis. Journal of Bacteriology. 182(4): 1096-1108.

Ray, A.K., Bairagi, A., Ghosh, K.S. and Sen, S.K., 2007. Optimization of fermentation conditions for cellulase production by Bacillus subtilis CY5 and Bacillus circulans TP3 isolated from fish gut. Acta Ichthyologica et Piscatoria, 37(1): 47-53.

Ryckeboer, J., Mergaert, J., Coosemans, J., Deprins, K., and Swings, J., 2003. Microbiological aspects of biowaste during composting in a monitored compost bin. Journal of Applied Microbiology. 94: 127-137.

Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T., 1989. Molecular cloning: a laboratory manual, Second Edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1626 pages.

Sanders, M.E., Morelli, L. and Tompkins, T.A., 2003. Sporeformers as human probiotics: Bacillus, Sporolactobacillus and Brevibacillus. Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety. 2: 101-110.

Shabeb, M.S.A., Younis, M.A.M, Hezayen, F.F., Nour-Eldein, M.A., 2010. Production of cellulase on Low-Cost Medium by Bacillus subtilis KO Strain. World Applied Sciences Journal. 8(1): 35-42.

Shakweer, I.M., 2003. Effect of biological treatments of rice straw and sugarcane bagasse on their digestibility, nutritive value, ruminal activity and some blood parameters in rams. Egyptian Journal Nutrition and Feeds. 6: 925-940.

Sivers, V.S., Topchiĭ , M.P. and Kovalevskaia, T.M., 1977. Formation of organic acids by strain of Bacillus mesentericus and Bacillus subtilis isolated from the rumen of cattle. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii, immunobiologii. 39(1): 31-33.

Teather, R.M. and Wood, P.J., 1981. Use the Congo Red-Polysaccharide interaction in enumeration and characterization of cellulolytic bacteria from Bovine rumen. Applied Environment Microbiology. 43(4): 777-780.

Tilley, J.M.A. and Terry, R.A., 1963. A two stage technique for in vitro digestion of farage crops. Journal of the British Grassland Society. 18: 104-111.

Trần Cừ, 1979. Sinh lý và hóa sinh tiêu hóa của động vật nhai lại. Nhà xuất bản Khoa học và Kỹ thuật Hà Nội. Hà Nội, 270 trang.

Turner, S., Pryer, K.M., Miao, V.P. and Palmer, J.D., 1999. Investigating deep phylogenetic relationships among cyanobacteria and plastids by small subunit rRNA sequence analysis. Journal of Eukaryotic Microbiology. 46(4): 327-338.

Van Soest, P.J. and Wine, R.H., 1967. Use of detergents in the analysis of fibrous feeds. IV. Determination of plant cell wall constituents. Journal of Association of Official Analytical Chemists. 50: 50-55.

Varel, V.H., Yen, J.T. and Kreikemeier, K.K., 1995. Addition of cellulolytic clostridia to the bovine rumen and pig intestinal tract. Applied and Environmental Microbiology. 61: 1116-1119.

Vitti, M.S.S., Abdalla, A.L., Filho, J. C.S., del Mastro, N.L., Mauricio, R., Owen, E. and Mould, F., 1999. Misleading relationships between in situ rumen dry matter disappearance, chemical analyses and in vitro gas production and digestibility, of sugarcane bagasse treated with varying levels of electron irradiation and ammonia. Animal Feed Science and Technology. 79(1-2): 145-153.

Weende, 1983. Fiwe extraction unit for determining raw fiber content. Velp Scientifica. USMATE, Italy, 30 pages. .

Williams, A.G. and Wither, S.E., 1983. Bacillus spp. in the rumen ecosystem. Hemicellulose depolymerases and glycoside hydrolases of Bacillus sp. and rumen isolates grown under anaerobic conditions. Journal of Applied Bacteriology. 55(2): 283-292.

Wohlgemuth, R., 2009. The locks and keys to industrial biotechnology. New Biotechnology. 25(4): 204-213.

Yang, H.Y., Wu, H., Wang, X.F., Cui, Z.J. and Li, Y.H., 2011. Selection and characteristics of a switchgrass-colonizing microbial community to produce extracellular cellulases and xylanases. Bioresource Technology. 102(3): 3546-3550.